转关运输报关程序涉及进口和出口货物的流程，主要包括提前报关、直转和中转三种方式。
对于进口货物，收货人或代理人在进境地海关办理转关前，需向指运地海关提交“进口货物报关单”电子数据。指运地海关会预先处理并生成“进口转关货物申报单”，随后将数据传输至进境地海关。无论是提前报关、直转还是中转，收货人都需要提供相关单证，如“进口转关货物申报单”编号，以办理转关运输手续。
出口货物的转关则有类似流程。发货人或代理人在货物尚未到达启运地海关监管场所时，可提前向启运地海关录入“出口货物报关单”。货物抵达后，直转和中转分别在启运地海关进行电子申报和提交所需单证，办理出口转关手续。对于中转货物，全程提运单和运输工具更换是关键，需提交“出口转关货物申报单”和相应运输单据。
海关监管货物的转关，除特殊情况如深加工结转外，通常采用进归转关方式。无论是提前报关还是直转，都需要在转出地海关办理相关手续，并在转入地海关办理货物的报关手续，所需单证包括“进口转关货物申报单”和运输工具的记录文件。
转关运输（tran-customs transportation/customs transit）指的是进出口海关监管货物需由进境地或启运地设立的海关转运至目的地或出境地海关，这种转运方式称为转关运输。经海关同意可采用不同的交通工具，承运接驳转关运输货物。