关税不能抵扣。进口关税应当计入进口材料成本，不能抵扣，进口增值税可以抵扣进口货物海关代征的关税也是不能抵扣的，只能抵扣进口环节缴纳的增值税。
1、根据《关于加强进口环节增值税专用缴款书抵扣税款管理的通知》（国税发〔1996〕32号）的规定。
（一）对海关代征进口环节增值税开据的增值税专用缴款书上标明有两个单位名称，即既有代理进口单位名称，又有委托进口单位名称的，只准予其中取得专用缴款书原件的一个单位抵扣税款。
（二）申报抵扣税款的委托进口单位，必须提供相应的海关代征增值税专用缴款书原件，委托代理合同及付款凭证，否则，不予抵扣进项税款。
2、根据《国家税务总局关于调整增值税扣税凭证抵扣期限有关问题的通知》（国税函〔2009〕617号）的规定，实行海关进口增值税专用缴款书（以下简称海关缴款书）“先比对后抵扣”管理办法的增值税一般纳税人取得2010年1月1日以后开具的海关缴款书，应在开具之日起180日内向主管税务机关报送《海关完税凭证抵扣清单》（包括纸质资料和电子数据）申请稽核比对。因此，您企业应按上述要求抵扣海关进口增值税专用缴款书。
进口关税的作用
各种名目的关税也都是进口税，例如，优惠关税、最惠国待遇关税、普惠制关税、保护关税、反倾销关税、反补贴关税、报复关税等。使用过高的进口关税，会对进口货物形成壁垒，阻碍国际贸易的发展。进口关税会影响出口国的利益，因此，它成为国际间经济斗争与合作的一种手段，很多国际间的贸易互惠协定都以相互减让进口关税或给以优惠关税为主要内容。
其实，关于进口关税可以抵扣吗，我国的法律规定，进口关税是不可以进行抵扣的。而且，进口关税是有比较重要的作用的，它可以更好的促进经济贸易的全球化，促进经济的发展，而且是各国在进行保护本国的经济的唯一的合法的手段。
法律依据
《中华人民共和国税收征收管理法》
第九十条 耕地占用税、契税、农业税、牧业税征收管理的具体办法，由国务院另行制定。
关税及海关代征税收的征收管理，依照法律、行政法规的有关规定执行。
第九十一条 中华人民共和国同外国缔结的有关税收的条约、协定同本法有不同规定的，依照条约、协定的规定办理。
第九十二条 本法施行前颁布的税收法律与本法有不同规定的，适用本法规定。
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