法人辞职了公司不配合变更可以起诉。
起诉的具体程序如下：
1、当事人起诉，首先应提交起诉书，并按对方当事人人数提交相应份数的副本；
2、根据谁主张谁举证原则，原告向法院起诉应提交材料；
3、当事人向法院提交书证，应填写一式两份证据清单，详细列明提交证据的名称、页数；
4、立案庭在当事人履行必须的手续和交齐有关证据材料之后，在七天内，对符合立案条件的，办理立案手续，对不符合立案条件的，依法裁定不予受理；
5、当事人应在收到受理通知书之日起七天内预交案件受理费和其他诉讼费用；
6、立案手续后，案件由法院排期开庭，当事人应服从法院的各项工作安排，并于结案后到财务室结算诉讼费用。
公司变更法人的方法如下：
1、领取《公司变更登记申请表》，变更营业执照，填写公司变更表格，加盖公章，整理章程修正案、股东会决议、承诺书、公司营业执照正副本原件、到工商局办证大厅办理如果存在股权转让须填写股权转让协议；
2、变更组织机构代码证，填写企业代码证变更表格，加盖公章，整理公司变更通知书、营业执照副本复印件、企业新法人身份证复印件、老的代码证原件到质量技术监督局办理；
3、变更税务登记证，变更银行信息，若材料无疑问或补充完毕并通过则领取变更通知书，在规定时间去工商局领取新的营业执照。
综上所述，公司不配合变更法人信息的，当事人可以向法院申请起诉，提交相应的证据材料，法院会对案件进行审理判决。
【法律依据】：
《中华人民共和国市场主体登记管理条例》第八条
市场主体的一般登记事项包括：
（一）名称；
（二）主体类型；
（三）经营范围；
（四）住所或者主要经营场所；
（五）注册资本或者出资额；
（六）法定代表人、执行事务合伙人或者负责人姓名。
除前款规定外，还应当根据市场主体类型登记下列事项：
（一）有限责任公司股东、股份有限公司发起人、非公司企业法人出资人的姓名或者名称；
（二）个人独资企业的投资人姓名及居所；
（三）合伙企业的合伙人名称或者姓名、住所、承担责任方式；
（四）个体工商户的经营者姓名、住所、经营场所；
（五）法律、行政法规规定的其他事项。
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