元代以来红曲的制法在《居家必用事类全集》、《墨 娥小录》、《本草纲目》、《天工开物》、《物理小识》中都有 记载。《居家必用事类全集》、《本草纲目》、《物理小识》三书制法相同，《天工开物》，《墨娥小录》二者又相同。 故实际上有两种较为独立的方法流传于世。
现将《居家必用事类全集》和《天工开物》中的制 法要点简述如下：制红曲，必先造曲母。曲母实际上就是红酒糟。 该红酒糟是用红曲酿成的酒糟。曲母的酿法与一般 酿酒法相同。制红曲的原料为籼米或粳米。•《居家必用事类全集》浸米仅一宿；《天工开物》浸七日，浸至其气臭恶 不可闻。
《居家必用事类全集》所载的蒸饭仅蒸至八 分熟，《天工开物》中蒸饭则分作两个阶段，先蒸至半生不熟，出离釜中，冷水沃之后再蒸至极熟。米饭的酸化处理方式不同，《天工开物》本中，米 经过长时间的浸泡，米粒已经酸化，在加入红曲母时 再加明矾水拌匀。明矾是硫酸钾和硫酸铝的复盐，其水溶液为酸性。
《墨娥小录》本中则加入滴醋调酸。两 者方法虽不同，但原理是一致的。红曲与其他种类酒曲在制法上最显著的区别可能就在于制曲原料的酸 化处理上。这是根据红曲霉菌的耐酸性特点而采用的。经现代科学证明，红曲霉菌的最适生长pH值为 3〜4之间。在此pH范围内酵母菌难于繁殖，细菌生 长更是受到抑制，红曲霉菌却安然无恙，可正常生长。
培菌过程中，米饭一般装入篾盘，置于木架上， 分层叠放，盘上有覆盖物。这一期间，曲的外观颜色 发生一系列的显著变化，如《天工开物》中所说：“其初雪白色，经一二日成至黑色，黑转褐，褐转代赭，赭 转红。红极复转微黄。目击风中变幻。”颜色的变化反映了微生物分泌红色素量的不断增加。
最后变黄，可 能是由于红曲霉也能分泌黄色素。培菌过程中最重要的操作是翻拌，堆积，摊开和分段用水润曲，“候视 者七日之中，即坐卧盘架之下，眠不敢安，中宵数起。”分段用水润曲的做法是用大桶盛新汲井水，以 竹箩盛曲，浸入水中后立即提起。关于润曲的时机，《天工开物》注明：“凡黑色转褐，褐转红，皆过水一 度。
红则不复入水”。用水润曲的机理主要是控制曲中的水分。红曲的特性是既有糖化能力，又有发酵能 力。如果米中含水分太多，红曲霉会使米粒中的淀粉变成酒精,做成的红曲是空心的。如果米中的水分太低，红曲霉的菌丝进不到米粒里面去，做成的红曲是 红皮白心的。