生产条件较好的地区以冬麦为主；冬季严寒，多风少雪的地区以春小麦为主。
1.冬小麦
地方品种有白冬麦、小红冬麦等。50年代推广自原苏联引进的乌克兰0246，1961年全新疆种植面积达23.3万hm2，占冬小麦总面积的24%。随后推广新乌克兰83和敖德萨16，前者1964年达17.6万hm2，约占冬小麦总面积的25%；后者作搭配品种种植。70年代起，在使用引进品种的同时推广了一批本地选育的品种。其中面积最大的是新冬2号。因其适应性强，丰产性好，成为本区70年代主要推广品种之一，1979年在全疆种植面积达22.6万hm2。这时期搭配种植新冬7号、伊农2号等。80年代随着生产水平的提高各地又推广了一批本地育成的新品种和引进品种，其中适应性较广的有八农7416、新冬15（昌冬3号）、新冬16（奎东3号）等。引进品种，苏联的山前麦、高加索和黄淮麦区的济南矮6号、泰山1号、丰产3号和石家庄54等也有一定面积。90年代推广以新冬20为主的一批新品种又实现了一轮品种更换。
2.春小麦
地方品种较多，如黑芒春麦、大头春麦、金包银、红春麦、白春麦（阿克克格依达）等。50年代后期引进推广南大2419（种植20余年）、苏联的红星麦、南疆的喀什白皮，实现了一次品种更换。70年代曾推广阿勃，1976年达6.0万hm2，约占全疆春小麦面积的10%。同时推广欧柔、青春5号等，面积也较大。本副区育成的新春1号、奇春号、伊春号品种也曾成为一些县的主体品种。80年代本副区育成品种新春2号、新春3号、昌春2号、昌春3号等适应性较广。引进品种宁春4号发展较快，1990年达1.9万hm2。同时还一度推广墨西哥小麦。90年代新春6号成为主栽品种，1997年及1999年都在13.33万hm2以上。