1、如果是汇总缴纳，那就总、分公司各设置一个“内部往来”科目，相互之间的往来业务全部通过该科目进行核算，为了区分不同业务，还可以在该科目下设置明细科目。会计分录：
总公司：
借：内部往来—分公司
贷：库存商品
分公司：
借：库存商品
贷：内部往来
2、如果是分别计算缴纳企业所得税，那么就总公司做销售，分公司做购入。按照与外部客户相同的方式核算。会计分录：
借：库存商品，应交税金（一般纳税人）
贷：银行存款（其他付款方式）
借：银行存款（应收帐款）
贷：主营业务收入，应交税金（销项税）
扩展资料
独立核算就是所有的业务活动的帐务都在本单位核算。非独立核算，就是该单位是某一单位的分支机构，不具备单独的法人资格。
核算时要分清哪些费用应在本部门核算，哪些应该属于上级单位的费用。报表要向上级单位报送，由上级单位汇总纳税。异地分支机构有些税在所在地交纳，有的税在总部交纳。
其他的还牵涉到一些内部往来。 因总、分公司不在一地，所以分公司必需单独建账，每月可以给总公司汇总报表。分公司如果产生流转税，必须在当地(上海)缴纳。
另外，现在企业所得税也需要属地征收，只不过新开办的企业今年不参与分配，明年总公司就应给非独立核算的分公司所得税分配表，当地税务局按分配的所得税稽征。
在分公司具体履约的情形下，如果是总公司收款、开票，则必须在合同中明确其分公司的履约行为是受总公司的委托代为履约的行为。如果是总公司收款、分公司开票，则必须在合同中明确总公司的收款行为是代分公司收款的行为。
参考资料来源：百度百科—会计分录
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