主要区别是，意思不同、出处不同、用法不同，具体如下：
一、意思不同
1、破天荒
形容从来没有过的事，或第一次出现的事。
2、闻所未闻
原义是所听到的事从来未曾听过；多指道理、内容新鲜、奇特；也指罕见的人和事物。
二、出处不同
1、破天荒
文明小史．第四十五回：中国人在香港充当律师的，要算他是破天荒了。
2、闻所未闻
西汉·司马迁《史记·郦生陆贾列传》：越中无足与语，至生来，令我日闻所未闻。
白话文：南越人中没有人值得(我)同(他)交谈，直到你来，让我每天都能听到过去从未听到的道理。
三、用法不同
1、破天荒
动宾式；作宾语、定语；指从未出现过的事。中性词，偏贬义。
2、闻所未闻
作谓语、宾语、定语。