病原微生物分类是指按病原微生物的传染性及感染后对个体或群体的危害程度来划分，共分为四类，其中第一、二类为高致病性的病原微生物第一类、使人或动物发生非常严重疾病的微生物，以及我国尚未发现或已消灭的微生物，如鼠疫耶尔森菌、霍乱弧菌、
天花病毒、黄热病毒、新疆出血热病毒、拉沙热病毒、
埃博拉病毒等。第二类、使人或动物发生严重疾病，较易在人与人、人与动物、动物与动物间传播的微生物，如布鲁菌、炭疽芽孢菌、肉毒梭菌、麻风杆菌、结核杆菌、狂犬病病毒、森林脑炎病毒、
流行性出血热病毒、各种立克次体等。第三类、能引起人或动物发生疾病，但一般不构成严重危害，传播风险有限，实验室感染后很少引起严重疾病，具有有效治疗和预防措施的微生物，如脑膜炎奈瑟氏菌、肺炎双球菌、葡萄状球菌、链球菌、
淋病奈瑟氏菌等。第四类、通常不会引起人或动物发生疾病的微生物，如生物制品、菌苗、疫苗生产用的各种减毒、弱毒菌种及不属于上述一、二、三类的各种低致病性的微生物菌种。