一级保护动物包括：
- 滇金丝猴
- 大熊猫
- 华南虎
- 东北虎
- 雪豹
- 白鳍豚
- 野骆驼
- 野牛
- 扬子鳄
- 朱鹮鸟
二级保护动物包括：
兽纲：
- 短尾猴、猕猴、藏酋猴
- 穿山甲
- 豺
- 黑熊、棕熊（包括马熊）
- 石貂
- 水獭（所有种）
- 小爪水獭
- 斑林狸
- 小灵猫
- 大灵猫
- 草原斑猫
- 荒漠猫
- 丛林猫
- 猞猁
- 兔狲
- 金猫
- 渔猫
- 其他鲸类
- 麝（所有种）
- 河麂
- 马鹿（包括白臀鹿）
- 水鹿
- 驼鹿
- 黄羊
- 藏原羊
- 鹅喉羚
- 鬣羚
- 斑羚
- 岩羊
- 盘羊
- 海南兔
- 雪兔
- 塔里木兔
- 巨松鼠
鸟纲：
- 角�6�8�6�7
- 赤颈�6�8�6�7
- 鹈鹕（所有种）
- 鲣鸟（所有种）
- 海鸬鹚
- 黑颈鸬鹚
- 黄嘴白鹭
- 岩鹭
- 海南虎斑（开鸟）
- 小兄察陪苇（开鸟）
- 彩鹳
- 彩鹮
- 白琵鹭
- 黑脸琵鹭
- 红胸黑雁
- 白额雁
- 天鹅（所有种）
- 鸳鸯
- 其他鹰类
- 隼科（所有种）
- 黑琴鸡
- 柳雷鸟
- 岩雷鸟
- 镰翅鸟
- 花尾榛鸡
- 雪鸡（所有种）
- 血雉
- 红腹角雉
- 藏马鸡
- 蓝马鸡
- 黑鹇
- 白鹇
- 原鸡
- 勺鸡
- 白冠长尾雉
- 锦鸡（所有种）
- 灰鹤
- 沙丘鹤
- 白枕鹤
- 蓑羽鹤
- 长脚秧鸡
- 姬田鸡
- 棕背田鸡
- 花田鸡
- 铜翅水雉羡蠢
- 小杓鹬
- 小青脚鹬
- 灰燕鸻
- 小鸥
- 黑浮鸥
- 黄嘴河燕鸥
- 黑嘴端凤头燕鸥
- 黑腹沙鸡
- 绿鸠（所有种）
- 黑颏果鸠
- 皇鸠（所有种）
- 斑尾林鸽
- 鹃鸠（所有种）
- 鹦鹉科（所有种）
- 鸦鹃（所有种）
- 灰喉针尾雨燕
- 凤头雨燕
- 橙胸咬鹃
- 蓝耳翠鸟
- 鹳嘴翠鸟
- 黑胸蜂虎
- 绿喉蜂虎
- 犀鸟科
- 白腹黑啄木鸟
- 阔嘴鸟科（所有种）
- 八色鸫科（所有种）
爬行纲：
- 地龟
- 三线闭壳龟
- 云南闭壳龟
- 凹甲陆龟
- 蠵龟
- 绿海龟
- 玳瑁
- 太平洋丽龟
- 棱皮龟
- 山瑞鳖
- 大壁虎
- 大鲵
- 细痣疣螈
- 镇海疣螈
- 贵州疣螈
- 大凉疣螈
- 细瘰疣螈
- 虎纹蛙
鱼纲：
- 黄唇鱼
- 松江鲈鱼
- 克氏海马鱼
- 胭脂鱼
- 唐鱼
- 大头鲤
- 金线靶
- 大理裂腹鱼
- 花鳗鳅
- 川陕哲罗鲑
- 秦岭细鳞鲑
- 文昌鱼
腹足纲：
- 虎斑宝贝
- 冠螺
- 大珠母贝
- 佛耳丽蚌
- 伟铗叭
- 尖板曦箭蜓
- 宽纹北箭蜓
- 中华缺翅虫
- 墨脱缺翅虫
- 拉步甲
- 硕步甲
- 彩臂金龟（所有种）
- 叉犀金龟
- 双尾褐凤蝶
- 三尾褐没李凤蝶
- 中华虎凤蝶
- 阿波罗绢蝶
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