《消失的她》的拍摄地点是在海南，分别在陵水清水湾自由灯塔、清水湾莱佛士酒店、海南富力海洋欢乐世界、清水湾游艇会、琼崖古城、大里瀑布等地方取景。
1、陵水清水湾自由灯塔
电影里出镜最多的绝美灯塔其实就坐落在陵水清水湾，这里白天这里一半是蔚蓝大海，一半是温柔的沙滩。它是清水湾的地标。红白的塔身格外醒目，宛如一位守护者，守护着这片海洋的安宁和平静。
在万宁，也有一个相似的灯塔。它位于神州半岛漫长海堤的尽头，仿佛是碧海蓝天中的惊鸿一瞥，来到这里就仿佛走进了宫崎骏的漫画。
2、清水湾莱佛士酒店
片子里何非、李木子所入住的酒店就是位于清水湾的莱佛士酒店。片子里最高能的沙滩晚餐对手戏，也是在酒店海边餐厅完成的。
3、海南富力海洋欢乐世界
剧中因李木子喜爱梵高的画，尤其那幅梵高的《星空》，男主便投其所好的研究《星空》从而接近她。“海底星空”的名字便是由梵高的《星空》而来。海中成群聚集的鱼儿游来游去，好似梵高在《星空》中笔下天空的形象。这个梦幻的场景就是在海南富力海洋欢乐世界完成拍摄的。
4、清水湾游艇会
影片中，何非奔跑中闪过的码头就是清水湾游艇会。在这里你能玩海、看海，满足你对大海的一切想象。还可以乘着游艇出行，置身于蔚蓝大海之间，自由自在。
5、琼崖古城
女主消失后，男主朱一龙就开始了自己孤独的寻妻之旅。而他所踏过的每一个角落，几乎都是在保亭琼崖古城拍摄的。
6、大里瀑布
影片中陈麦与何非躲避追杀时何非跳下的地方就是取景自大里瀑布。这里四面环山的绿木，郁郁葱葱，是一座天然氧吧。大里瀑布分为托南日瀑布和姐妹瀑布。在这里听着瀑布落下的声音，掬一把水拂面凉意顿上心头，如此山水秘境，怎能错过！
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