区别如下：
1、分类不同：
MHCI类分子位于普通细胞表面，被CD8＋T细胞识别。
MHCⅡ类分子主要的抗原呈递细胞（APC），辅助T细胞识别。
2、位置不同：
MHCI类（MHCI）：位于普通细胞的表面，它可以提供有关细胞内部条件的信息。例如，病毒外膜片段的肽可以通过细胞外的MHC被CD8＋T杀伤细胞剔除。
MHCⅡ类（MHCⅡ）：主要的抗原呈递细胞（APC）、巨噬细胞等。这样的供应是细胞外的情况，如细菌入侵组织，然后吞噬巨噬细胞，利用MHC提示片段的细菌帮助T细胞，启动免疫反应。
MHC生理意义：
1、MHC抗原最初是作为移植抗原而被发现的，是引起移植排斥的主要抗原系统。这种抗原不合，即可引起受体的免疫应答，排斥移植的供体组织。
2、人们还发现外周血B细胞和单核细胞等非T细胞在体外能诱导某些自身反应性T细胞发生增殖反应，称这种现象为自身混合淋巴细胞反应（AMLR)，并证明这是由非T细胞上MHCⅡ类抗原引起的。
这种自身反应性T细胞在体内可能具有增强或抑制免疫功能的作用，借以维持机体的免疫稳定性，因此MHC分子也参与免疫调节作用。
3、研究证明，MHC分子对T细胞在胸腺内的分化成熟过程也起重要作用。体外研究发现：去除胸腺中MHCⅡ类抗原阳性的基质细胞，则T4T细胞的发育受阻，在胸腺培养细胞中加入抗MHCⅡ类抗原的单克隆抗体，也能阻止T4 T细胞的发育。目前认为MHC分子在T细胞自身耐受的形成和T细胞库的产生中都起着重要作用。
4、现已证明，MHC不仅控制着同种移植排斥反应，更重要的是与机体免疫应答、免疫调节及某些病理状态的产生均密切相关。因此，MHC的完整概念是指脊椎动物某一染色体上编码主要组织相容性抗原、控制细胞间相互识别、调节免疫应答的一组紧密连锁基因群。
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