现发现最古老的日本人人骨、大约属于2万年前至3万年前的冰河期时代。一般认为（绳文人）最早于冰河期时代到达日本列岛。
由绳文人人骨中采集遗传因子与世界各地的对象比较，与西伯利亚北部的先住民最为相近(但也有南方基因)。冰河期之前的西伯利亚北部气候温暖，有大型动物、草木生长，进冰河期时代以后则再找不到人类生活的痕迹。西伯利亚特有的石器如楔形石核的遗迹被发现于西伯利亚北部、库页岛、北海道、与日本列岛等地如弧型分报，故一般认为是于冰河期由西伯利亚北部经库页岛、北海道、再进入日本列岛居住。
冰河期时代的北海被冰所覆盖，于库页岛、北海道、日本列岛间进行移动明显是可行的。
另外，由渡过南海而来的南岛语族与越人,西南夷，把中国长江下流域开始的照叶树林文化(烧垦文化)带来。
其后，绳文末期、弥生时代开始，有由中国大陆方面移居日本列岛的新蒙古人种（渡来人、弥生人）。关西一帯日本人多数是渡来人后人，关东是绳文人后人。和人真正定型是七世纪后。
萝卜头短而小，日本人个子矬，重缺乏营养、发育不良，头大身小。
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