刺客信条1
主角：阿泰尔·伊本·拉加德
背景：故事设定在欧洲中古黑暗的十字军东征时期，游戏舞台穿梭于大马士革、耶路撒冷等中东历史名城之间，当时的统治者以高压方式统治人民诛杀异己，百姓苦不堪言，玩家扮演的是一位身怀绝艺的白衣刺客Altair，以来无影去无踪的高超杀人技巧，专门刺杀残暴的统治阶层，而铲奸除恶也成为玩家信守的“刺客信条”，为救无辜百姓而努力。
Altair奉师父之名陆续杀死了九名圣殿骑士，为的是阻止第三次十字军东征，维护和平。当Altair顺利杀死九名目标后，渐渐察觉到自己已被欺骗：原来，当年有十个人找到了一块伊甸园碎片，这十人正是九名被杀的骑士和自己的师父Mualim，他之所以利用Altair刺杀掉九名骑士，只是为了一人独吞伊甸园碎片，然后通过这个神器控制人们的思想，实现自己独裁的梦想。得知这一切真相的Altair非常震惊，他火速返回刺客总部质问自己的师父，而目的达成的师父早已不管Altair的生死，于是师徒二人展开战斗，最终Altair成功杀死Mualim，得到了部分伊甸园碎片并将其埋藏，成为刺客联盟新的首领。 返回到现代的Miles，同样也得知Abstergo公司的计划：他们想通过Miles的DNA了解到伊甸园碎片的下落，找到并利用神器控制人类的思想，其目的与当年的Mualim基本相同。Abstergo目前已经持有部分伊甸园碎片，绑架Miles来此只是为了通过他找到当年被Altair埋葬的碎片。这个时候Abstergo的研究员Lucy也向Miles表明身份，原来她是潜伏在Abstergo公司中的间谍，她的真实身份同样是刺客联盟的成员，为的只是帮助Miles逃离这里。Animus的实验结束后，Miles非常奇异的获得了祖先的神奇能力“鹰之眼”，通过这个能力他发现了在实验室休息间的秘密。原来，在他来这里之前，已经有16位刺客后裔曾被陆续绑架来此，在实验结束后惨遭杀害，休息间墙壁上写满了他们的遗言。一切结束后，Miles在Lucy的帮助下试图逃离实验室。
刺客信条2
主角：艾吉奥·奥迪托雷
背景：本次的背景设定在1486年的意大利文艺复兴时代，地点在威尼斯、佛罗伦萨、托斯卡纳以及罗马。玩家依旧是操作Desmond Miles的祖先，Desmond的戏份将会比原著有所增加，本次的祖先名叫Ezio AutitoredaFirenze。Ezio出身贵族，但是没多久他就被卷入了他人对他家族的阴谋中，于是他决定找阴谋策划者复仇。
Ezio生活在意大利的文艺复兴时期，他的父亲Giovanni Auditore表面上是一位银行家，实际上却是一名刺客，衣食无忧的Ezio过着贵族公子般的生活。突然有一天，Giovanni遭人出卖，刺客身份不仅被泄漏，还连累全家满门遭殃。幸免于难的Ezio依照父亲生前的提示，得知了家族的秘密：他们的家族是一个隐秘的刺客组织，每代刺客中都有四男两女共六位刺客宗师与一位真祖转生（Altair的转生，Ezio就是这一代的真祖转生）。
在伙伴们的帮助下，迅速成熟起来的Ezio学到了一身出色的刺客本领，继承了家族的基业。Ezio后来得知，一个叫做伊甸园碎片的神器散落各地，将这些碎片拼凑起来就是“黄金苹果”，通过它可以控制人类的思想。
刺客信条2-兄弟会
主角：艾吉奥·奥迪托雷
背景：公元1503年，亚历山大六世依然统治着罗马，尽管局势已经混乱，但独裁者的霸权依然继续存在。已经成为刺客宗师的Ezio将为信念而战，誓要带领刺客联盟推翻独裁。
紧接前作《刺客信条II》 ，酒保德斯蒙德·迈尔斯（Desmond Miles）与其余三名现代刺客露西·斯提尔曼（Lucy Stillman）, 肖恩·黑斯廷斯（Shaun Hastings）瑞贝卡·科瑞尔（Rebecca Crane）逃离圣殿骑士团的追击后到达意大利城市蒙特里久尼。以已荒废的Auditore庄园地下室作为新的藏身之所，Desmond再次使用基因记忆追溯机器“Animus 2.0”，再度进入其刺客祖先Ezio Auditore da Firenze的记忆。
1499年12月文艺复兴时期，40岁的Ezio于放弃刺杀教皇亚历山大六世Rodrigo Borgia（圣殿骑士团之首）后回到蒙特里久尼。1500年1月，教宗之子西泽尔·波奇亚一天晚上领兵对城市发动攻击。西泽尔于城破之时夺回Ezio伯父Mario Auditore保管的古代遗物“伊甸碎片”、将之枪杀并命士兵枪伤Ezio。Ezio负伤带领佣兵及家人逃走后独自前往意大利首都罗马，并发现波奇亚家族已几乎完全控制了整个罗马市，市区百业萧条，市民被剥削而生活困苦。以市内台伯河上的小岛台伯岛为基地，Ezio联结市内妓女、盗贼及佣兵势力，以及招揽反抗的市民加入其刺客兄弟会以解放在教宗势力控制下的罗马。于各方协助下，Ezio得知西泽尔的财政由其兄长胡安·波奇亚负责，而西泽尔则欲借助法国瓦卢瓦公爵路易十二的军事力量以及发明家达芬奇之战争机器以征服意大利。
在把西泽尔的财源和军队瓦解以及把达芬奇制造的的战争机器毁灭后，Ezio于1503年潜进梵蒂冈圣天使城堡。在欲与教皇对质时得知“伊甸碎片”已落入教皇手上，而教皇因不满其子无穷的野心（包括对蒙特里久尼发动攻击）而对西泽尔下毒。西泽尔得知后反用毒苹果杀死教皇并到圣彼得大教堂夺回碎片但被Ezio先行夺得。同年12月教皇儒略二世即位并下令拘捕西泽尔。1507年3月Ezio前往西班牙维安纳并于围城战中与西泽尔进行最后决斗，Ezio把西泽尔击败后将其从城墙投下，最后把碎片藏在罗马斗兽场的一个密室内。
刺客信条-启示录
主角：艾吉奥·奥迪托雷
背景：1511年年初，冒着冬天的严寒，Ezio来到了曾经作为刺客总部的中东小镇马斯亚夫（Masyaf），寻找祖先Altair Ibn—La‘Ahad留给后代的信息。在他即将踏入刺客城堡的大门时，被一群手执兵器的士兵包围。他们是已经覆灭的拜占庭帝国残存的一支圣殿骑士，现在他们又渐渐发展壮大。Ezio被抓住，但很快便伺机逃脱。在试图离开城堡时他通过一名被圣殿骑士绑架来的人得知了圣殿骑士的阴谋——他们在寻找5把Masyaf Key，来打开刺客城堡中的密室。
循着此人的线索，Ezio杀死了正在逃亡的骑士队长，从他身上搜得一本带有线索的日记，为此在1511年5月，Ezio根据乘船来到了欧亚的交汇处——奥斯曼帝国控制下的君士坦丁堡（土耳其人称为伊斯坦布尔），他发现圣殿骑士在前拜占庭帝王后代“君士坦丁十一世”的领导下，迫害君士坦丁堡人民，为奥斯曼王室平民所忌恨。
在刺客大师约瑟夫·塔奇姆（Yusuf Tazim）和刚刚认识的博学女孩Sofia Sartor的帮助下，Ezio逐渐在城中安家落户，并抓紧时间与圣殿骑士赛跑寻找Masyaf Keys。Ezio还答应了奥斯曼帝国王子，因权力之争丧父的苏莱曼（Suleiman，后来的苏莱曼大帝），帮助他调查圣殿骑士的指挥官是何人和大本营所在。
刺客信条3
主角：康纳
背景：本作剧情设定在1753年至1783年间，场景主要发生在纽约和波士顿。主角是一位叫Connor（康纳）的英美混血儿，父亲是英国人，母亲是美国原住民。在《刺客信条3》的开局阶段，玩家将体验康纳的父亲（某圣殿骑士）的故事，到了第四章才会体验康纳的生活，当时他由莫霍克族（原住纽约州的印第安人）抚养长大。在英国殖民者进攻并烧毁了康纳的村庄后，他最终走上一条对抗暴政（和圣殿骑士）的道路。本作的故事仍然以刺客组织与圣殿骑士的斗争为主线。
由于故事发生在美国独立战争时期，主角将会在游戏过程中遇到众多著名历史人物，乔治·华盛顿、本杰明·富兰克林、查尔斯·李等人都会悉数登场。其中主角与华盛顿的互动将是本作中的核心关系之一，查尔斯·李将是本作的最终BOSS。
刺客信条-独立日（PSV独占）
主角：艾夫琳
背景：本作的故事，是从法国与英国为了争夺北美原住民领土而爆发的“法国-印第安人战争（公元1754～1763）”之后开始的。背景设定在1765-1780年的新奥尔良。从另一个角度审视美国独立战争——从一个不属于十三殖民地的另一个新大陆殖民地的角度。新奥尔良拥有着其独特的文化、历史和人物，是最好的选择。
在上述的战争经过数年后，新奥尔良城的控制权最终落入了英国手中，英国并进一步利用新奥尔良作为运送欧洲物资到殖民地的偷渡港口，法国和西班牙都从这里转运他们送往北美东部的物资，三方势力都在和英国人战斗。于是，新奥尔良与其周边的地域自然而然的发展成了富裕的欧洲人的聚集地，逐渐形成一个以奴隶贸易为经济活动中心的社会。
诞生、成长于这样充斥着阶级与贫富差距社会背景下的艾芙琳，有一次偶尔的碰到了一名逃亡的奴隶，而这名逃亡奴隶教给了艾芙琳成为一名刺客所必须的能力与技术。
此外，她还将在本作里碰到《刺客信条3》的主角康纳，并与之并肩作战。
刺客信条-血缘（PSP独占）
主角：阿泰尔·伊本·拉加德
背景：
《刺客信条：血缘》讲述《刺客信条》之后发生的故事，是《刺客信条》与《刺客信条2》之间时间空间大跨度设定的解明之作。本作的地点发生在塞浦路斯，故事描写主人公阿泰尔（Altair）获得了“伊甸之果”后又得知还有之外的秘宝存在，因此再次向大教堂骑士团发起挑战。另外故事还会交代系列其他两名角色德斯蒙德·迈尔斯（Desmond Miles）跟艾齐奥（Ezio Auditore）之间的复杂关系。
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