1、准备项目计划书。项目计划书是医院信息系统实施过程中第一个最重要的文件。它勾画了医院要建设的医院信息系统总轮廓。通常是委托一家咨询公司完成一份项目计划书的标书，该标书的内容为医院准备建设医院信息系统的动机和全面、具体、细致的需求。
然后将标书发给参加竞标的厂商，在收到各厂商的计划书后，进行认真的评价，决定最终执行方案。
2、选择软硬件的集成商、供应商和合作伙伴，通常委托有资质的咨询公司或特别的专家小组进行方案评估。
3、需求分析。首先通过对目标医院使用者的访问、调查，详细了解用户的流程与需求，最后形成文档：《项目结构》文档、《目标范围说明书》文档、《用户需求说明书》文档、初步的《用户界面说明书》文档、《测试战略》文档、《测试规范与通过标准》文档。
4、系统设计与软件客户化。设计阶段要做的工作：把用户的需求变成技术上可实现的步骤；完善用户界面演示程序，让用户完全接受系统的界面形式；制订《客户沟通计划》，收集和控制用户需求；完成《功能规格说明书》的签署并冻结。
初步完成《测试规格》文档；风险评估。要完成的文档：《用户界面说明书》、《概念设计》、《逻辑设计》、《物理设计》、《功能规格说明书》、《测试计划和时间表》、《测试规格》文档和大部分的《测试用例》文档、《项目时间表》。
5、数据准备与装入。数据准备是指将医院的基础数据按照系统的要求统一、规范、格式化的表达出来，并录人系统基础数据库。这些是系统赖以正常运作的基础。
6、系统测试。在系统测试阶段要做的工作：代码错误修改；进行ALPHA测试、BETA测试和RELEASE测试；继续保持与客户/用户的紧密联系，控制用户的期望值；编写联机帮助和用户使用手册；进行用户培训和项目验收；风险评估。
要完成的文档：《用户操作手册》、《实施维护手册》、《测试报告》、《验收报告》、《联机帮助》。阶段到达标准后进行审核。
7、用户培训。供应商应该有事先安排好的计划，专门的教师与教材，要准备设备完善的培训教室和环境。对用户的培训可以为对医院计算机技术人员的培训和对最终用户的培训。
