南京农业大学是南京相对来说排名较低的学校，也不能说最差的。
南京农业大学在大学社团中排名全省第5，全国第48，在软科学版中排名全省第8，全国第69，根据往年的高考分数线，南京农业大学排名低于南京理工大学、南京航空航天大学和河海大学，它在整体排名中远远落后。
南京农业大学的能力被严重低估，超过了一些985学校的表现，教育部第四次学科评估结果显示，学校的植物保护、农林经济管理、作物学和农业资源与环境被评为A+级，四个学科在全国名列前茅，均为全国并列第一，其他三个学科被评为A。
南京的985大学排名：南京大学、东南大学、江南大学、南京航空航天大学、南京理工大学、南京邮电大学、南京师范大学、南京农业大学。
1、南京大学：综合排名第10位。南京大学是一所综合性研究型大学，涵盖文、理、工、法、医、管理、艺术等多个学科门类，设有64个本科专业，涵盖11个学科门类。南大拥有众多知名学科和高水平研究机构，如剑桥-南京大学生物技术中心、计算机科学与技术国际联合实验室、墨子量子科学技术研究院等，具有较高的科研实力和转化应用能力。
2、东南大学：综合排名第20位。东南大学是一所著名的综合性大学，以工科和理科为主，设有工、理、管、文、法、艺术、医等七个学院，共有79个本科专业，涵盖了全面的学科门类。学校拥有一大批优秀的教师和科研人员，并与国际上许多高等院校保持着良好的学术交流和合作关系。
3、江南大学：综合排名第47位。江南大学的综合实力得到了国内外认可，是一所具有较高影响力和国际化程度的高等学府。学校一直注重学术与产业的融合发展，持续推进校企合作，致力于为经济社会发展培养高素质人才和为国家的现代农业科技发展做出重要贡献。
4、南京航空航天大学：综合排名第49位。南京航空航天大学一直强调理论与应用的结合，注重科技创新和人才培养，以提高学生的实践和创新能力为目标，形成了独具特色的人才培养模式。学校已建立与全球数百所高校和实验室的学术交流和合作关系，与全国各地的航空企业和单位建立了紧密的校企合作关系，不断为高水平人才的培养和技术创新提供重要支持。
5、南京理工大学：综合排名第50位。南京理工大学是一所以理工为主的综合性大学，涵盖了工、理、管、文、法、教育、艺术、农、医、交等多个学科门类，设有18个学院，90个本科专业，拥有一流的研究设备和实验室。
6、南京邮电大学：综合排名第62位。南京邮电大学是一所以信息科学与技术为主的工科高等院校，是教育部直属并与江苏省共建的示范性高水平应用特色学院，也是“211工程”和“985工程”重点支持的学校。
7、南京师范大学：综合排名第76位。南京师范大学是一所以师范教育为主的综合性大学，设有17个学院，覆盖了文、教、史、哲、管理等多个学科专业。学校的教育学、数学科学、心理学、地理学、生态学、中文语言文学、外国语言文学等多个学科在国内外享有良好声誉，并被列为国家重点学科和优势特色学科。
8、南京农业大学：综合排名第96位。南京农业大学是一所以农、生、环科学和工程为主的综合性大学，设有17个学院，共有70个本科专业和16个硕士学位授权类别，是“211工程”和“985工程”重点支持的学校之一。