保健酒的历史悠久，可追溯至数千年前的汉朝时期，它在中国医药科学中占据重要地位。
在汉代至唐代之前，药酒和滋补酒的制作技术已有迹可循。早在《神农本草经》中，已有对不同药材处理方式的描述，如酒浸渍法，既可提高药效，又便于药性发挥。如张仲景的《金匮要略》中就记载了浸渍法和煎煮法的实际应用，如鳖甲煎丸方和红蓝花酒方，这些都体现了对人们健康的关怀。
南朝的陶弘景在《本草集经注》中，进一步发展了冷浸法制酒的技术，强调了药材粉碎度、浸渍时间和气温对药效的影响，并提倡多次浸渍以提高浸出效率。同时，热浸法也开始在《齐民要术》中的"胡椒酒"配方中出现，尽管最初主要用于调味，但可能也用于药酒的配制。
进入唐宋时期，药酒的酿造更为盛行，医药巨著如《备急千金要方》、《外台秘要》等大量收录药酒和补酒配方。这时期的药酒配方复杂度提升，反映出药酒制备技术的进步。同时，解酒、戒酒方也应运而生，反映了社会对健康饮酒的重视。
元明清时期，药酒制作进一步发展，整理了前人的经验，创新配方和制法。这一时期，药酒的制备水平达到了新的高度，医学文献的丰富和医家对前人经验的重视，推动了药酒领域的学术发展。
保健酒已有数千年的历史，是中国医药科学的重要组成部分。中国的历代医药著作中几乎无一例外地有药酒治疾健身的记载。今天随着科学技术的进步，从中药浸酒的传统工艺的基础上已发展到利用萃取、浸提和生物工程等现代化手段，提取中药中的有效成份制成高含量的功能药酒。当人们的保健意识日趋增强，一些药物成为食用保健品时，保健酒这一新名词便开始走红。