两者的区别如下：
1、前接动词时用法不同
～ではないか（じゃないか）：对意料外的事情表示惊讶、迷惑，或是对对方表示责难。
～のではないか（んじゃないか）：对自己不确定的事情表示疑问，有时也以「～のではないかと思う」的形式来委婉地表达个人观点。
例如：
うるさいから计算を间违えたではないか（じゃないか）。/吵死了！人家账都算错了！
あれ、答えが合いませんね。途中で计算を间违えたのではないですか（んじゃないか）。/哎呀，得数不对呀。是计算过程中出错了吧？
2、前接名词、二类形容词（形容动词）时用法不同
通常都用同一个形式：～ではないか（じゃないか）
此时，「のではないか（んじゃないか）」中的「の（ん）」是省略的。因此，区分二者就不能以有无「の」为标准了，而是要特别注意语调的不同。
～ではないか（じゃないか）（↘）：惊讶、迷惑、反问或责难的语气。
～ではないか（じゃないか）（↗）：疑问、确认的语气。
例：
このスマホはすごく便利ではないですか。（↘）/这个智能手机不是很方便嘛。
このスマホはすごく便利ではないですか。（↗）/这个智能手机是不是很方便？
はないでしょうか等同于ではないか，でしょうか尊敬态，表示尊敬的程度不同。
だろうか和 のだろうか和 だろう的意思不一样。だろう以のだろう的形式表示推测事物的原因或理由，以だろうか的形式，或后接疑问词表示疑问或反问。
扩展资料：
实例解析：
1、上司「君、困るじゃないか！资料にミスがあったぞ。君のせいで大耻をかいたよ。」部下「すみません。うっかりしておりまして……」。
解析：这里的语境是上司责备下属“资料有误，让他丢人了”，属于谴责的用法。所以接续动词时，不需要加「の」。
2、その日、私はホームに入ってきた电车に飞び乗った。ところが、电车は反対方向に走り始めたではないか 。私は电车の行き先を确かめなかったことを後悔した。
解析：「ところが」是本题题眼，它决定了“意料之外”的语境，有一种惊讶之感。直接使用「ではないか」即可。