松原市林业局根据其职能设置了一系列内设机构，确保各项工作的有序进行。以下是主要的机构职责分工：
办公室（市森林资源行政案件稽查支队）: 负责机关的日常运作，包括文件管理、安全保密、政务管理等。该部门负责林业行政复议、行政诉讼和相关听证，监督全市林业执法并进行生态草管护稽查。此外，还负责重点公益林的区划、管理和资金补偿，以及林业突发事件的应急管理工作。
植树造林科（市绿化委员会办公室）: 主要负责种苗、造林、营林的质量管理，指导生物防治水土流失，监督各类林木培育和营造林工程，包括“三北”防护林、退耕还林等。同时，指导绿化工作，组织荒漠化防治和防沙治沙活动，执行市绿化委员会的相关任务。
森林资源管理科（湿地与野生动植物保护科）: 负责全市森林资源的组织管理，进行资源调查、监测与统计，管理林地和林权，监督征用、占用工作，编制采伐限额和木材生产计划。此外，该科还负责野生动植物保护、湿地管理以及濒危物种进出口的审核工作。
计划与科技产业科: 制定林业发展战略和规划，编制生产计划，管理国家投资和林业统计分析。此外，该部门还负责林业科学研究和技术推广，推动林业创新和产业政策制定，指导林业企业的发展。
森林防火办公室（市森林防火指挥部办公室）: 主要负责森林防火政策制定和责任制的实施，组织火灾预警和应对，协调森林防火资源配置和航空消防工作，执行市森林防火指挥部的工作。
行政审批办公室: 负责关键许可证的审批，如林地征用、林木采伐许可证等，以及野生动植物相关许可证的核准。