金山区人民政府办公室的组织结构包括五个主要职能科室：秘书科负责日常行政事务的协调；信息调研科负责政策研究和信息收集；督查科承担监督执行任务；接待科则专注于对外接待工作；而机要文书科则处理重要文件和机密事务。
此外，金山区人民政府的运作并非孤立，而是与多个办公室协同工作。金山区人民政府法制办公室主要通过监督协调科进行法规监督和协调，还设有专门处理行政复议的行政复议办公室。
金山区人民政府外事办公室的职能聚焦在出国管理科，确保对外交流活动的有序进行。而合作交流工作则由合作联络科和对口支援科负责，致力于区域间的合作与发展。
最后，金山区人民政府机关事务管理局的职能分工细化为四个科室：综合管理科负责全局管理，财务科负责财务管理，行政科处理行政事务，而车辆管理科则专门负责车辆的管理和调度。