在产生形式、毒性作用和抗原性三方面有所区别。
1、产生形式不同：
外毒素指的是在细菌在生活过程中菌体内产生并分泌到菌体外的毒素，大多为蛋白质，易提取，不耐热。
内毒素指的是某些革兰氏阴性菌在生活过程中产生，以脂多糖的形式存在于细胞壁上，菌体裂解后释放，不易提取，耐热。
2、毒性作用不同：
外毒素强，对组织器官有选择性毒害效应，引起特殊临床表现
内毒素较弱，各菌的毒性效应大致相同，引起发热、白细胞增多、微循环障碍、休克、DIC医`学教育网搜集整理等
3、抗原性不同：
外毒素强，刺激机体产生抗毒素；甲醛液处理脱毒形成类毒素；
内毒素弱，刺激机体产生的中和抗体作用弱；甲醛液处理不形成类毒素。
参考资料来源：百度百科——细菌毒素
细菌内毒素与外毒素在位置、化学成分、稳定性和毒性等方面存在差异。
1、存在部位：外毒素在体外由活菌向细菌释放；内毒素是细菌细胞壁的结构成分，在细菌解体后释放。
2、化学成分：外毒素主要成分为蛋白质（分子量27000－900000）；内毒素主要成分为磷脂－多糖－蛋白质复合物（毒性主要为脂质A）。
3、稳定性：外毒素不稳定，在60℃以上可迅速被破坏。内毒素耐热，在60℃下可耐受数小时。
4、毒性：外毒素毒性强，微量对实验动物有致死作用（ug测定）。各种外毒素具有选择性作用，引起特殊的病理变化，不引起宿主发热反应。抑制蛋白质合成包括细胞毒性、神经毒性和水盐代谢紊乱。
内毒素的毒性稍弱，对实验动物的致死作用大于外毒素。各种细菌内毒素的毒性大致相同。引起发热、弥漫性血管内凝血、粒细胞减少、施瓦茨曼现象等。
扩展资料：
细菌内毒素的概念于1890年提出。它是由研究发热物质的过程引起的。1933年，首次从小鼠伤寒杆菌中提取boivin，并进行了化学免疫学研究。
到1940年，摩根利用痢疾志贺氏菌阐明细菌内毒素是由多糖、脂类和蛋白质组成的复合物。1950年以后，随着生物学、物理学、化学、免疫学、遗传学等学科的发展，细菌内毒素特别是其化学结构的研究工作开始展开。而且各种生物活性之间的关系也更加明确。
外毒素是剧毒的，可以杀死实验动物的数量非常少。重要的外毒素主要有两类：一类是体外产生的外毒素，引起食物中毒。它们引起的疾病不是一种传染过程，而是由于食用含有这种毒素的食物而引起的中毒过程。
参考资料来源：百度百科-细菌外毒素
本回答被网友采纳外毒素是指某些病原菌生长繁殖过程中分泌到菌体外的一种代谢产物，为次级代谢产物。其主要成分为可溶性蛋白质。许多革兰氏阳性菌及部分革兰氏阴性菌等均能产生外毒素。外毒素不耐热、不稳定、抗原性强，可刺激机体产生抗毒素，可中和外毒素，用作治疗。本回答被提问者采纳