1871年（明治4年）7月，兵部省设立了陆军参谋局。次年2月，根据太政官公告，兵部省拆分为海军省和陆军省，陆军参谋局改为陆军省参谋局。1873年4月1日，陆军省参谋局改称第六局，1874年2月22日又改回原状。1875年6月18日改为陆军省直属机构，1878年12月改称参谋本部，从陆军省中独立出来，实现了军事行政与军令的分离。这就是俗称“大本营”的参谋本部。 1886年3月，参谋本部内分设海军部和陆军部，分别掌管海军和陆军的军令。1888年，海军部和陆军部分别改为海军参谋本部和陆军参谋本部，而陆海军全军参谋长称为参军。1889年，陆军参谋本部长改称参谋总长，设置海军参谋部负责海军军令。1893年5月制定的海军军令部条例（敕令第37号）规定，陆海军的军令部门（陆军的参谋本部和海军的军令部）在和平时期是对等的；而根据同年制定的战时大本营条例（敕令第52号），战时，海军军令权属于作为幕僚长的陆军参谋总长。1903年12月，根据修改后的战时大本营条例（敕令第293号），在战争时期，陆海军的军令部门也保持对等的地位。 1945年9月，美国占领当局废除了参谋本部。
职位表
1871年（明治4年）7月 兵部省陆军参谋局 兵部省职员令
1872年（明治5年）2月 陆军省参谋局
太政官公告
1878年（明治11年）12月5日 参谋本部
参谋本部条例
1884年（明治17年）2月 军事部
1886年（明治19年）3月18日 参谋本部 明治19年敕令
1888年（明治21年）5月12日 陆军参谋本部 海军参谋本部 明治21年敕令第25号
1889年（明治22年）3月7日 参谋本部 海军参谋部 明治22年敕令第25号、第30号
1893年（明治26年）5月19日 海军军令部 明治26年敕令第37号
1933年（昭和8年）10月1日 军令部 昭和8年军令海第5号
1945年（昭和20年） 废止 昭和20年军令海第8号
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