大坝水库的巨大容量不仅调节了下游流量，防止了洪水泛滥，还利用蓄积的水量扩大了灌溉面积，因此，近100万公顷的沙漠得以被开垦成可耕地。同时，大坝电站每年发电80亿度，解决了埃及的能源短缺问题。可以说，当时埃及政府修建阿斯旺大坝的预期目标，都得到一一实现。
但是人们低估了水库库区淤积的严重性，因而对大坝工程可能的效益过于乐观。兴建大坝时形成的巨大的纳赛尔湖，由于泥沙的自然淤积，水库的有效库容逐渐缩小，因而导致水库的储水量下降。
大坝工程的设计者未能准确地估计库区泥沙淤积的速度和过程。根据阿斯旺大坝水利工程设计，这个水库26%的库容是死库容，而每年尼罗河水从上游夹带大约6000万到1.8亿吨泥沙入库，设计者按照尼罗河水含沙量计算，结论是500年后泥沙才会淤满死库容，以为淤积问题对水库的效益影响不大。可是大坝建成后的实际情况是，泥沙并非在水库的死库容区均匀地淤积，而是在水库上游的水流缓慢处迅速淤积；结果，水库上游淤积的大量泥沙在水库入口处形成了三角洲。这样，水库兴建后不久，其有效库容就明显下降，水利工程效益大大降低。此外，浩大的水库水面蒸发量很大，每年的蒸发损失就相当于11%的库容水量，这也降低了预计的水利工程效益。
更为严重的是，埃及政府和工程设计者在建造如此宏伟的大坝时，忽视了大坝对生态和环境的影响，既没有对此作出认真评估，也未曾慎重考虑生态和环境受破坏后的因应措施。
大坝对生态和环境的影响有正面之处，比如水库建成后，水库周围5300至7800公里的沙漠沿湖带出现了常年繁盛的植被区，这不仅吸引了许多野生动物，而且有利于稳固湖岸、保持水土，对这个沙漠环绕的水库起了一定的保护作用。
但是大坝建成20多年后，负面作用就显露出来，并随着时间的推移变得日益严重。在大坝修建之前，尼罗河河水将上游大量的含有腐殖质的泥沙带到下游，使得下游农田非常肥沃。截流建坝后，泥沙改道了，下游的农田因缺乏肥料而逐渐变得贫瘠。当地盛产的优质棉花大量减产；由于河水不再泛滥，也就不再有雨季的大量河水带走土壤中的盐分，而不断的灌溉又使地下水位上升，把深层土壤内的盐分带到地表，再加上灌溉水中的盐分和各种化学残留物的高含量，又导致了尼罗河两岸土壤盐碱化。因为没有河水不断的补充，库区及水库下游的尼罗河水质开始恶化，又因为土地肥力的下降，迫使下游农民大量使用化肥，化肥的残留随灌溉水又流回尼罗河，使河水富营养化。尼罗河下游河水中的植物性浮游生物的平均密度从每升160毫克上升至250毫克。现在，水草的大规模滋生已经危及到了灌溉和排水网络安全有效的运作。大量的废水拥塞在河道中而得不到正常的宣泄，给两岸的自然环境也造成了严重的危害。
纳塞尔湖的泥沙淤积现象相应的导致了地中海沿岸的海岸侵蚀和陆地面积的减小。河流的入海处因为没有泥沙作补充，海岸逐渐被海水侵蚀，海水的倒灌使一些村庄被海水淹没。阿斯旺水坝拦截了鱼群的食料，因而使下游的水产品产量由每年1.8万吨下降到每年500吨；建坝以后下游地区开始蔓延血吸虫病，变成了血吸虫病的高发区，同时带菌的疟疾蚊子从苏丹往北蔓延。
大坝导致流行病的发生，使得人们对大坝的评估变得困难。当年有的专家曾经提 出，阿斯旺大坝建成后将会导致血吸虫病患大量增加，主要的理由是寄生钉螺在缓慢的流水中会繁殖迅速。但是，大坝建成后的统计数字却表明，大坝建成前后血吸虫流行指数的差别并不明显，而肠血吸虫则在大坝建成后增加。流行病的发病率不仅受环境因素的影响，还受到其他因素如社会进步、经济发展、人口结构、居住迁移以及医疗卫生水平变化的影响。如果考虑到这些因素，分析大坝建成前后血吸虫流行指数的差别，就显得更复杂了。
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