法律分析：1、价格区别。
商品房与拆迁的区别是，商品房可以立即上市，并且可以在银行作抵押进行贷款。但是回迁房因为享受国家政策的优惠，不含土地转让金，价格相对低廉。所以不能享有商品房的上述权能。拆迁人以会暗访补偿给被拆迁人的，补偿房屋由市政府有关主管部门参照经济适用住房政策核定价格，并按照经济适用房政策管理。
2、商品房和回迁房买卖双方的关系不同，商品房的购买基础是开发商和购房者签订的《商品房买卖合同》，房屋的价款在合同中进行约定，而拆迁安置房的购买的基础是拆迁单位和被拆迁人签订的拆迁补偿协议，在拆迁协议中进行约定。
3、拆迁的是商品房，回迁房自然应当是商品房，拆迁的是集体土地上的私房，或者是经济适用房，回迁房的性质一般不是商品房，购买回迁房一定要查清楚性质。经济适用房不得买卖，集体土地上的私房拆迁的回迁房，回迁房的苏占土地性质，一般是划拨所的，没有交土地出让金，正式办理过户手续，需交土地出让金。
以上就是回迁房和商品房的区别，里面并没有说不动产登记证有何不同，因此，回迁房和商品房的不动产登记证没有区别。
法律依据：《国有土地上房屋征收与补偿条例》 第八条 为了保障国家安全、促进国民经济和社会发展等公共利益的需要，有下列情形之一，确需要征收房屋的，由市、县级人民政府作出房屋征收决定：
（一）国防和外交的需要；
（二）由政府组织实施的能源、交通、水利等基础设施建设的需要；
（三）由政府组织实施的科技、教育、文化、卫生、体育、环境和资源保护、防灾减灾、文物保护、社会福利、市政公用等公共事业的需要；
（四）由政府组织实施的保障性安居工程建设的需要；
（五）由政府依照城乡规划法有关规定组织实施的对危房集中、基础设施落后等地段进行旧城区改建的需要；
（六）法律、行政法规规定的其他公共利益的需要。