药监局和卫生局是两个不同的独立单位。
卫生局主要是管理医院、卫生所、医生和公共卫生事业的单位。
药监局主要是管理药物市场的销售、查处假药等，互不影响。
卫生局是地方各级医院的主管部门。下设办公室、医政科、健教所、爱卫会等职能部门，分管食品卫生，执业医师法的实施，医疗事故的处理等等工作。
贯彻执行党和国家有关卫生工作的方针、政策和法律、法规、规章；结合本市实际，研究起草卫生工作的地方性法规、规章草案和政策；研究制订本市卫生事业发展改革的有关方案、工作规划、政策和指导性意见，并组织实施。
根据本市国民经济和社会发展总体规划，编制本市卫生事业的发展规划、区域卫生规划和年度工作计划，并负责组织实施。