温州大学前身是1956年成立的温州师范专科学校。1958年升级为温州师范学院。1964年改建温州地区教研函授站。1974年又改建温州地区师范学校。1978年升级为温州师范专科学校。1987年升级为温州师范学院。2006年,温州师范学院、原温州大学合并组建新的温州大学。
2006年,经教育部批准,温州师范学院、温州大学正式合并组建新的温州大学。
2008年,学校在教育部本科教学工作水平评估中获得“优秀”等级。
截至2020年1月,学校拥有一级学科硕士学位授权点17个,硕士专业学位授权点12个。2017年被列为浙江省博士学位授予单位立项建设单位。学科涵盖文学、理学、工学、法学、教育学、经济学、历史学、管理学、艺术学等九个门类。