灰指甲病程较长，治疗方式较多，但由于灰指甲患者具有个体差异，不存在最快的根治方法。
在医生指导下，充分结合个人情况选择的治疗方法，通常就是最合适自己的方法，常见情况如下：
1、浅表型：真菌感染通常局限于指甲表面，可以通过外用药进行治疗，如使用阿莫罗芬搽剂、特比萘芬软膏、舍他康唑软膏，或者是使用含有水杨酸、苯甲酸成分的药膏进行局部涂擦；
2、甲下型：甲床以及周围组织通常都有真菌感染，因为外用药的渗透性有限，很难对深层的甲组织以及甲周组织进行治疗，此时单独使用外用药无法达到治疗效果，需考虑联合使用口服药物进行抗真菌治疗，如盐酸特比萘芬片、伊曲康唑胶囊等；
3、其他：若灰指甲症状较为严重或合并甲沟炎、甲床炎等并发症，需遵医嘱及时行病甲清除术，还可以使用激光治疗和光动力治疗进行辅助治疗。若灰指甲患者身体其他部位也患有癣病，或患有慢性全身性疾病，需在治疗灰指甲的同时，积极治疗这些疾病，才可以根治灰指甲。