1、两者的学名不同
巴西水龟的学名叫巴西红耳龟，属于泽龟科滑龟属，是一种水栖龟类。
巴西旱龟的学名叫红腿陆龟，隶属陆龟科土陆龟属，是世界八大陆生龟之一。
2、外形特征不同
巴西红耳龟最典型的外形特征是其头侧中部的鼓膜上有桔红色或暗红色的椭圆形斑。成龟的颈部为灰黑色，有黄色和绿色相间的纵向条纹。其背面为翠绿色或苹果绿色，颜色鲜艳，背部中央有一条显著的脊棱。
红腿陆龟的典型特征是其四肢和尾部呈橘红或红色，有着较大的黄色的头部。龟壳微微暗黑的褐色，盾甲中央部分是微微的黄色。前腿有着锐利的鳞片，这些鳞片呈深红色。
3、生活习性不同
巴西红耳龟喜静怕噪，喜暖怕冷，生性好动，适宜生长的水温为20~32℃，最佳生长水温在25~30℃之间。20℃以下时摄食减少，活动较不活跃，16℃以下时开始进入冬眠，12℃以下为完全冬眠。
红腿陆龟通常发现于相对干燥的草原和森林地区，但这个品种也出现在潮湿的森林环境中。
4、食物种类不同
巴西红耳龟属杂食性龟类，人工养殖时以食肉类为主，成龟阶段还可摄食植物性饲料。在野外，成龟的食谱包括藻类、浮萍及水中浮出的其他草本植物、蟒蚌、小鱼、虾等甲壳类动物、螺蜘等各种软体动物。
野外食物主要是：树上掉落的水果 、蘑菇，葡萄藤，多汁植物，草，蔬菜，花朵等。人工饲养中主要是：多种水果及红萝卜，蘑菇，豆，豌豆等蔬菜类，以及各种深绿色多叶植物 。
5、分布范围不同
巴西红耳龟在除南极洲之外的所有大洲上都发现有野生个体的存活，并且已在欧洲、非洲、澳洲、亚洲和美国原产地以外的美洲等世界范围内成功入侵。
巴西红腿龟分布于南美洲和加勒比海的 岛屿； 亚马逊 河 流域，包括巴拉圭，苏里南，哥伦比亚，圭亚那，委内瑞拉，巴西，厄瓜多尔。
参考资料来源：百度百科--巴西红耳龟
参考资料来源：百度百科--红腿陆龟
从两者的不同点进行辨别，具体如下：
一、两者的特点不同：
1、水龟的特点：水龟野外生活于河流、稻田及湖泊中， 也常到附近的灌木及草丛中活动，白天多在水中戏游，觅食，晴天喜在陆地上，有时趴在岸边晒太阳。
2、旱龟（又叫做陆龟）的特点：皮肤表面干燥，前腿粗大而钝圆，后腿如象脚，具短趾，趾间无蹼，行动比较缓慢。
二、两者的习性不同：
1、水龟的习性：天气炎热时，常躲于水中、暗处或埋入沙中，缩头不动。怕惊动，一旦遇到敌害或晃动的影子，立即潜入 水中或缩头不动。夜间出来活动、觅食。
2、旱龟的习性：陆龟属于变温动物，由于生理上受限于环境温度，因此在自然环境中分布远远不及一般哺乳动物广泛；同时因为个体行动缓慢，故在迁徙行为上也不如鸟类般明显。
三、两者的分布不同：
1、水龟的分布：分布于偏南方亚热带一带的黄喉拟水龟底板黒斑的斑块，比分布偏北方的温带黄喉拟水龟的底板黒斑的斑块要大 些，并成大弧度马蹄形，而分布温带的北种黄喉拟水龟的黒斑块较小，成无弧度的直排列，且前后黒斑之间多数不连贯。
2、旱龟的分布：陆龟的地理分布仍称广泛，因此除了长久与大陆隔离的澳大利亚外，在亚洲、非洲、美洲与欧洲大陆，都可见到。就生存范围分布，也涵盖从温带到热带的环境，其中包含了潮湿温暖的灌木林、热带雨林，稍具干燥的干草原与高地，甚至是具有明显高温的莽原与沙漠环境中。
参考资料来源：百度百科-水龟
参考资料来源：百度百科-陆龟
本回答被网友采纳首先巴西龟是水龟，水龟和陆龟最大的区别在脚，水龟的脚扁平脚趾间有蹼连着，指甲尖细，陆龟的脚粗壮，因为经常行走指甲有磨痕。
陆龟一般是直立行走，四肢支起身体，走路很霸气威武，水龟一般腹甲着地四肢扒着往前走。
大部分的陆龟和半水龟都是素食（青菜和草等等）和杂食类（蔬菜水果蜗牛还有肉类什么的），二水龟几乎都是肉食（瘦肉鱼虾龟粮等）
还有一些特征有过养殖经验的都见到过，水龟如果过于干燥，龟壳就会畸形变形起皮。陆龟如果环境过于湿润有可能腐甲烂甲等。