中小企业发展专项资金的组织申报、审核及资金拨付工作由省级财政部门和中小企业主管部门负责，遵循严谨的流程以确保资金的有效使用。
第十五条中，省级部门需在每年2月底前，根据本地区经济发展规划和小型微型企业数量，提出年度实施方案，其中对小型微型企业和服务环境改善的投入不得低于80%的申请额。
第十六条，工业和信息化部与财政部会对各地区上报的实施方案进行审核，考虑多方面因素后确定专项资金项目年度实施方案。
第十七条，财政部根据预算和项目计划，制定资金分配方案，并将预算指标下达给省级财政部门。
第十八条，省级部门会在本地区公开组织项目申请，纳入专项资金管理系统管理，同时提供廉政监督渠道。
第十九条，项目评审由专业的评估和中小企业服务机构进行，费用由专项资金承担，控制在不超过专项资金总额的0.5%以内。
第二十条，评审后的项目和资金支持计划，省级中小企业主管部门会公示7个工作日，接受社会监督后确定最终支持计划。
第二十一条，公示无异议后，省级部门将结果上报工业和信息化部、财政部备案，随后在1个月内拨付资金至项目单位。
第二十二条，如发现备案存在问题，工业和信息化部、财政部会通知省级部门进行调整，甚至收回资金，并影响下一年度的分配。
最后，项目单位需在收到资金10日内反馈资金到位情况及账务处理信息给省级财政部门。
根据《中华人民共和国预算法》《中华人民共和国中小企业促进法》和财政预算管理有关规定，2012年5月25日，财政部、工业和信息化部以财企〔2012〕96号印发《中小企业发展专项资金管理办法》。该《办法》分总则，支持内容及方式，申请条件及申报材料，组织申报、审核及资金拨付，监督检查，附则6章31条，自印发之日起施行。《财政部工业和信息化部关于印发〈中小企业发展专项资金管理暂行办法〉的通知》（财企〔2008〕179号）予以废止。