哈哈，这个问题有意思了，为啥《火影忍者》中团藏之拿走了止水的一只写轮眼？个人认为有两方面的原因①止水实力不弱，团藏没有机会一次拿走两只眼睛，②为后续剧情发展做出铺垫，否则宇智波鼬被秽土转生以后就无法摆脱兜的控制了，下面具体说明一下。
团藏在保留实力的情况下综合能力并不比止水强多少，能够偷袭成功已经算是不错了。
团藏当时偷袭止水成功应该算是比较侥幸的，因为当时的止水是准备把别天神用在阻止宇智波富岳的行动当中的，因此对团藏只使用了普通幻术。导致团藏能够利用伊邪那岐消除幻术控制，这样在止水出现空挡的情况下才能够偷袭成功。
实际上止水的实力还是不错的，因此团藏不可能面对已经反应过来的止水还有继续出手的机会。另一方面来说团藏当时应该是才接受移植柱间细胞和写轮眼的改造手术不久，因此在实力受限制的情况下也不可能再把止水另一只眼睛拿走。时机转瞬即逝，后续止水基本上没有再给团藏能够近身的机会了。
团藏使用了伊邪那岐才摆脱了止水普通幻术的控制，因此后续在压制自身实力的情况下能够拿到止水的一只写轮眼效率已经非常高了。
止水失去写轮眼以后就没有再给团藏继续近身的机会了，而是一直利用自己在一旦速度方面的优势在和团藏的手下周旋。
止水剩下的写轮眼是留给宇智波鼬的，如果团藏拿了后面的剧情中宇智波鼬就没有办法摆脱秽土转生的控制了。
团藏只能够拿到止水的一只眼睛除了实力受限制以外还和剧情安排有关系。因为止水把这只剩下的写轮眼留给宇智波鼬守护木叶，因此原本鼬的设计是这只写轮眼会对自己的万花筒写轮眼起反应，结果在第四次忍界大战鼬和长门被兜秽土转生以后，凭借鼬保留在鸣人体内的乌鸦发动别天神才能够让宇智波有拜托秽土转生的控制。
后续才能够利用十拳剑解除了长门的秽土转生以及面对兜的时候让仙人兜接触了秽土转生，为忍者联军减少了不少损失，这样一来面对最终决战忍者联军才得以继续保有足够的战斗力。所以如果没有止水留给宇智波鼬的写轮眼（同样被团藏拿走的话）在剧情设定上是不可能满足岸本快速完结剧情的需要的。
如果团藏拿到了止水的另一只眼睛后续忍者联军想要解除兜的秽土转生花费的时间就比较多了，因此团藏无法夺取两只别天神的眼睛可以算是剧情安排。
最后总结一下，个人认为团藏没有夺取止水两只写轮眼的原因是一方面止水能力不弱团藏实力受限制，再发现团藏的企图以后以及损失一只写轮眼以后已经没有让团藏有继续偷袭的机会。另一方面就是剧情需要了，团藏如果拿到了两只止水的眼睛，后续火影剧情走向就会发生大幅度的变化，火影末期剧情能否快速解除秽土转生也是未知数了。分析不到位地方请见谅，各位有其他想法欢迎留言讨论。