根据专用发票不同联次的丢失，有下面这些处理办法：
丢失专用发票的记账联。
如果丢失的是作为销售方记账凭证的记账联，可将其他联次的复印件作为凭证记账，但是该复印件需要原件保存单位或者个人在上面标注“与原件核对无误，原件存于我处”等字样，并且还需要提供人签字盖章。
丢失专用发票抵扣联。
丢失抵扣联可将相应发票的发票联复印件作为凭证，同样的，如果丢失发票联，可将相应发票的抵扣联复印件作为记账凭证。
同时丢失专用发票的发票联和抵扣联。
如果同时丢失发票联和抵扣联，根据目前最新的文件规定，不再需要申请《丢失增值税专用发票已报税证明单》，可以直接凭借销售方发票专用章的相应发票的记账联复印件，可将其作为增值税进项税额的抵扣凭证、记账凭证以及退税凭证。
根据相关文件规定，作废发票需满足以下作废条件：
（一）收到退回的发票联、抵扣联时间未超过销售方开票当月。
（二）销售方未抄税并且未记账。
（三）购买方未认证或者认证结果为“纳税人识别号认证不符”、“专用发票代码、号码认证不符”。
只有符合上述这些条件的，才可以收齐联次后作废处理，如果没有收齐联次或没有确认对方是否勾选认证就将专用发票作废了，而对方又认证抵扣了，这样就属于违规作废行为。
发票遗失该如何处理？，欢迎关注，点赞，业务办理请私信， 发票遗失报失流程如下 （一）审核、录入资料 1、审核提交资料确认齐全跟有效性，《发票挂失/损毁报告表》的内容跟盖章完不完全准确； 2、审核纳税人《发票挂失/损毁报告表》的填写内容跟附报资料有没有错误，原件材料与其复印件材料是不是相符，复印件有无注明“与原件相符”等几个字样而且由纳税人签章； 3、纸质资料不全或缺失或是填写不符合规范的，需要当场一次性告知纳税人补正或是重新进行填报； 4、符合条件的，通过系统的正确录入《发票挂失/损毁报告表》的信息。 （二）转下一环节 审核无误之后，将纳税人所报送的全部资料进行下一环节。 （三）后续环节 收到并且受理该提交资料，进行案头审核，主要审核下面的内容： 1、核实纳税人的丢失被盗发票的情况属不属实，相关部门所开具的遗失证明资料合不合法、真实有效； 2、通过上述审核，确定审批的结果，然后签署审批意见，依据征管法跟实施细则和发票管理办法规定进行处罚，制作《税务行政处罚事项告知书》、《税务行政处罚决定书》，转交执行环节送达纳税人，将相关资料进行归档。
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