乳腺叶状囊肉瘤的治疗主要依赖于手术，被认为是首选疗法。对于恶性肿瘤，尽管放化疗可能有一定的效果，但效果并不理想，因此在手术中，快速冰冻切片技术的应用至关重要，根据切片结果来决定适当的手术方式，通常手术后能够实现彻底治愈。良性肿瘤可以选择局部完整切除，而对于大型肿瘤，可能需要进行单纯乳房切除术。恶性肿瘤的治疗更为复杂，需要考虑瘤体大小、与周围组织的粘连情况以及腋淋巴结转移等因素，决定是单纯乳房切除还是标准的乳癌根治术。手术后，根据患者的个体情况和病情分期，可能需要进行放疗或化疗。对于复发的患者，可能需要再次手术并扩大手术范围，以期获得满意的疗效。
本瘤具有轻微浸润性生长，尽管边界清晰，但如果手术切除不彻底，复发的风险极高。因此，手术时应适当扩大切除范围以降低复发风险。恶性肿瘤术后复发率高，但转移少见，主要通过血行转移至肺、脑、骨、肝等部位，淋巴结转移罕见。部分学者认为，手术时可能无需常规进行淋巴结清扫。预后方面，乳腺叶状囊肉瘤以手术切除为主，完全切除后，大多数患者预后良好。良性肿瘤若切除不彻底，局部可能复发，但再次广泛切除通常仍能取得良好效果。恶性肿瘤虽可局部治愈，但若出现血运转移，后果严重。复发的关键因素包括组织类型、生物学特性以及手术切除范围。复发的病例需要密切关注，部分良性型患者通过扩大局部手术可改善病情，少数可能会发展为不同于原发肿瘤的组织类型。化疗和放疗对本病的具体效果，目前尚无统一的评价标准。
乳腺叶状囊肉瘤又称巨大纤维腺瘤，临床少见，仅占乳腺肿瘤的1％。根据细胞分化程度及临床表现分为良性、恶性和低度恶性。它有时具有恶性肿瘤的特点，同时又具有良性肿瘤的特点。该瘤的成分与结构颇似管内型纤维腺瘤，常常在同一个肿瘤内，一部分是纤维腺瘤，一部分是叶状囊肉瘤的结构。本瘤虽称为肉瘤，但只是指其组织学结构而言，在临床上绝大多数是良性的，即使因局部手术切除不当而复发，也极少发生转移。