不会，醉驾不起诉不会留下案底，只有行政处罚，免除刑事责任。存在醉驾情节轻微和时效期已过等情形的，是不起诉的适用范围，不会留下犯罪记录，即不会留下案底并且不会被记入档案。醉驾根据情节严重程度的差异，适用不同的处罚措施。我国法律没有案底一说，只有前科和犯罪记录。犯罪记录只能由人民法院依法判决，但是如果确实构成犯罪的，人民法院判决生效以后，会有犯罪记录。
因此，检察院不起诉说明行为人并未被法律定罪，也就是无罪之人，自然是没有犯罪记录的。前科主要是指行政处罚的处罚记录，当地公安机关都会将相关档案、信息进行保存的。但上述两样记录不是对任何人都开放的，只有国家机关给予办案需要，报请有权机关审批后，记录才对外提供。不对普通单位或个人提供查询业务。醉酒驾驶可定为“危险驾驶罪”，是刑事犯罪，经过起诉的，会进入档案，就是留有案底。不起诉是指人民检察院对公安机关侦查终结移送起诉的案件，经审查认为犯罪嫌疑人不构成犯罪或者依法不应追究其刑事责任，从而决定不向人民法院起诉的一种决定。由于免予起诉的取消，对于其适用的对象，则扩充到不起诉中来。因此，醉驾不起诉了，免于刑事处罚，仅有行政处罚，不会留下案底。
有以下情况醉驾可以申请检察院不起诉：
（一）情节显著轻微、危害不大，不认为是犯罪的；
（二）犯罪已过追诉时效期限的；
（三）经特赦令免除刑罚的；
（四）依照刑法告诉才处理的犯罪，没有告诉或者撤回告诉的；
（五）犯罪嫌疑人、被告人死亡的；
（六）其他法律规定免予追究刑事责任的。
法律依据：
《中华人民共和国刑事诉讼法》
第一百七十七条犯罪嫌疑人没有犯罪事实，或者有本法第十六条规定的情形之一的，人民检察院应当作出不起诉决定。对于犯罪情节轻微，依照刑法规定不需要判处刑罚或者免除刑罚的，人民检察院可以作出不起诉决定。人民检察院决定不起诉的案件，应当同时对侦查中查封、扣押、冻结的财物解除查封、扣押、冻结。对被不起诉人需要给予行政处罚、处分或者需要没收其违法所得的，人民检察院应当提出检察意见，移送有关主管机关处理。有关主管机关应当将处理结果及时通知人民检察院。
第二百七十五条犯罪的时候不满十八周岁，被判处五年有期徒刑以下刑罚的，应当对相关犯罪记录予以封存。犯罪记录被封存的，不得向任何单位和个人提供，但司法机关为办案需要或者有关单位根据国家规定进行查询的除外。依法进行查询的单位，应当对被封存的犯罪记录的情况予以保密。
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