隐形守护者结局分两种，一种是潜伏失败死亡的结局、一种是按照剧情选择一路潜伏出现的结局。第一种死亡结局到处都是，一旦没选对利于潜伏的的选项，很快会死掉。剧情走向结局共有4个大结局，分别是：扶桑安魂曲、
丧钟为谁而鸣、美丽世界、红色
芳华。
扶桑安魂曲，在第五章的最后，玩家接受了武藤领事的建议，刺杀了浅野。之后以日本军人龟田太郎的身份返回了日本，却碰巧被纯子认出，为了不让别人发现自己的身份，自己只好杀死纯子，隐居起来，最终死在了日后美军的轰炸中。其实我在第六章还没有出的时候是比较期待这条线的，但是看样子这并不是制作组的重心(因为只是做了一章就结束了)，但是，这个结局又何尝不是一个happy ending呢?主人公自从开始称为间谍的那一刻，射杀老师，射杀自己的小学妹，被自己的上线出卖，失去了证明自己是
胡蜂的证据，可谓是身心俱疲。能够在自己的生命的最后阶段过上一年的平淡生活，最终以日本人的身份被美军炸死，我想，这既是对于主人公抛弃了祖国的惩罚，也是对于主人公经受了这么多磨难的解脱。能够逃离这个
修罗场，不也是挺好的么?
丛林法则，在第五章的最后，如果主人公没有接受武藤的请求，那么武藤则会采取第二种行动——在主人公和浅野前往南京的途中刺杀浅野。在列车上，主人公成功向组织的人传递出撤退信号，自己趁乱下车后被一个叫高源的自称是“农夫”的“第二号”的下线接回了上海，自己也从此称为了他的下线。但是，主人公却没想到自己的这个新上线的真正身份是军统特工“
银狐”，他利用主人公对自己的信任，欺骗他杀死了“第二号”并让自己的搭档目睹了这一切。犯下大错的主人公只能听从“银狐“的安排，投靠了重庆的
国民政府。故事在这里又出现了两条线——美丽世界线和丧钟为谁而鸣线。