历史上有诛九族，但是发生的很少。朱棣诛杀方孝孺并不是诛九族，而是诛十族。当年朱棣攻破南京即位后，请方孝孺为其拟写登基诏书。然而方孝孺死忠故主，认为朱棣并非正统，是乱臣贼子谋权篡位。拒绝拟写诏书并且辱骂朱棣。惹怒朱棣被诛十族。朱棣劝说无果，就威胁他珠灭九族。方孝孺愤然说即使诛灭十族也不会从命。隧被朱棣诛十族，他的学生也未能幸免。
诛九族是古代最残忍最严厉的刑罚。只要有一人犯错，那么他的九族以内的亲人都会被杀头。一旦被动用，就会使成千上万的人血流成河。这一刑罚是秦国所记载的“夷三族”的变式，最初秦国实施夷三族这一残忍刑罚的目的是为了斩除隐患。最开始的时候，如果有人犯罪，被株连的只有最亲近的父母和兄弟。这样做的是为了对犯罪行为实施惩罚，并对其他人起到震慑的作用，杀鸡儆猴。
但是到了后面统治者发现，被诛杀的犯罪者，还有其他的亲人对他产生威胁。因此这个刑罚逐渐发展成为诛九族，到了这个地步，他的目的就不再是惩罚，而是斩草除根，防止死灰复燃。诛九族中的九族，就是由上至下九代人。也就是从犯罪者的高祖父到他的玄孙，然而在实际实施中，有的人早已不在世上或者并未出生。因此这个刑罚有时并非是九代人，而是九个家族。大概为父系四族人，母系三族，妻系二族。包括出嫁后的女子所在的家族都会被连累其中。
这一刑法的残忍程度不可言喻，有的人甚至都没有见过犯人，更不用说参与犯罪仍然会被牵连。这个刑罚因为过于残忍，而且实行的难度过大，因此在真实的历史中出现的并不多。并不是像影视剧中所演的那样，惹怒皇帝就会被诛九族。
从历史上看，“诛九族”的刑罚是源自于《秦律》中的“夷三族”，虽然实际上在很早之前商周的时期就有类类似的刑罚存在，《尚书》也有“罪及家人”的记载。只是因为在当时并没有明确的法律条文来规定。
回到“诛九族”本身，诛九族的目的只有一个，那就是“连坐”，为的就是“斩草除根”以绝后患，起到威慑大众的目的，从而达到统治者的目的。
那么“诛九族”究竟是哪些人需要被“连坐”呢？
关于这个“诛九族”的说法目前最为可信的应该是“父族四、母族三、姥族二”。
父族四：父系这一整族，出嫁的姑姑、表姑母一家，出嫁的姐妹以及外甥女，外甥男一家，出嫁的女儿以及孙女一家。
母族三：外公外婆一家，外婆的娘家，外公的父亲一家，跟随母亲的兄弟姐妹一家。
姥族二：岳父一家人，岳母的娘家。
这就是历史上诛九族的划分。
那么朱棣真的诛杀了明代大文学家方孝孺九族吗？
方孝孺被诛九族的说法最早来源应该是祝枝山的《野记》，这是一本野史，是野史自然真实性是需要考察的，对于史学界来说，野史的价值仅仅是参考，一般不会引用其中的内容，所以如果单一的依据野史是无法判断方孝孺是被诛九族的。
根据正史的记载《明史·方孝孺列传》中并没有出现方孝孺被诛九族的说法，其中仅仅记载了方孝孺被诛灭了父系一族。并没有被诛九族。
也就是回到了问题本身，方孝孺并没有被诛九族，仅仅是被诛灭了父系一族，对于野史上出现的诛九族的说法可以给于否定的判断了。
所以对于野史以及坊间传闻的消息无法当成真，应该认真去考究。