呵呵，那个原因啊！说出来表笑：
因为小写汉语拼音是近代我国从拉丁文演绎过来的(后文有详细介绍)
而后来因为受英文的影响(英文中的专署名词的开头字母都大写，如：English)，对于本国的专有地名等，也学英文那样。又因为中国的汉语拼音和英文字母都是拉丁文的变异，所以大多可以对应，为和世界通用语言接轨，就硬按英文字母的顺序重新排列大写汉语拼音。
而小写的早已沿用太久，而且划分符合汉字规律，所以没变。呵呵
是的，发音不一样，
我们平时写的汉语拼音是小写，是最通常的读法，是按照声母韵母的顺序分类教的，比如a\o\e读阿、喔、俄（一声）
大写汉语拼音顺序和写法同英语字母表，读音不同，比如前几个ABCDEFG、HIJK读作阿、波、次、的、俄、埃弗、哥\哈、一、介、开
读音大体用汉语表示一下
汉语拼音是中华人民共和国的汉字“拉丁化”方案，于1955年—1957年文字改革时被中国文字改革委员会汉语拼音方案委员会研究制定。
该拼音方案主要用于汉语普通话读音的标注，作为汉字的一种普通话音标。1958年2月11日的全国人民代表大会批准公布该方案。1982年，成为国际标准ISO 7098（中文罗马字母拼写法）。
目前大部分海外华人地区如新加坡在汉语教学中采用汉语拼音。
汉语拼音方案最早可以追溯到1906年朱文熊的《江苏新字母》和1908年刘孟扬的《中国音标字书》，还有1926年的国语罗马字和1931年的拉丁化中国字。所有这些汉字拉丁化方案都为汉语拼音的制定提供了基础。
1949年，吴玉章给毛泽东写信，提出为了有效的扫除文盲，需要迅速进行文字改革。毛泽东把信批复给郭沫若、茅盾等人研究，于1949年10月成立中国文字改革协会，其中一项任务就是研究汉语拼音方案。
1954年，中国文字改革协会改为国务院直属的中国文字改革委员会，其间收到各种汉语拼音方案1600多个。大致有这样几种形式：
汉字笔画式
拉丁字母式
斯拉夫字母式
几种字母的混合形式
速记式
图案式
数字形式
而最后决定采用拉丁字母作为汉语拼音的符号系统，以便于国际间的交流和合作。
所以，您知道了吧？汉语拼音的出现，是为了将汉字“拉丁”化。孰先孰后，泾渭分明嘛。
参考资料：
http://zh.wikipedia.org/wiki/%E6%BC%A2%E8%AA%9E%E6%8B%BC%E9%9F%B3 _________________________________________
再加上一点简明的汉语拼音发展史作补充。
汉语拼音?
古代没有拼音,就使用反切,就是用两个认识会念的字,取第一个的声母,取第二个的韵母,拼合起来就行了.
古代，中国的回族兄弟不学汉字，学习阿拉伯语，但他们用阿拉伯文的字母来拼写口语（汉语），所以这是中国最早的拼音。
元朝，蒙古统治者用改变了的藏文的字母来拼写汉语等语言，叫八思巴字。虽然不是专门拼写汉语的，但是，也算汉语拼音的一种吧。
明朝，西方传教士用拉丁字母拼写汉语，是中国最早的拉丁字拼音。
清末明初，出现了用简单的古字表现汉语语音的拼音方式。民国年间，政府制定了“注音字母”，就是这个系统的集中表现。现在台湾依然使用。但是，同时也出现了拉丁字的拼音运动，而且，跟左翼人士的政治运动结合很密切。
共和国成立后，立即由政府制定了“汉语拼音方案”，就是现在使用的这一套方案。联合国也承认的。