隋唐时期，玉门关的关址由敦煌西北迁至敦煌以东的瓜州晋昌县境内了。根据记录我国古代佛教法相唯识宗的创始人玄奘所著《大慈恩寺三藏法师传》的记载，当年玄奘法师西行求经，629年的秋天抵达瓜州晋昌城，也就是后来的甘肃省安西锁阳城。
玄奘渡过葫芦河，通过了河上的玉门关。据此，人们普遍认为，隋唐时期的玉门关位于锁阳城北30千米处，即安西县城东50千米处的疏勒河岸双塔堡附近。
隋唐时期的玉门关地址后来移至距离汉玉门关东240千米之处，这里正处于交通的枢纽地位，东通酒泉，西抵敦煌，南接瓜州，西北与伊州相邻，而且傍山带河，地势险要。