据南宋宝庆《昌国县志》记载，县内设有津渡舟山渡（今定海衜头东岳宫山下）、竿缆渡（今干石览镇）、金塘渡（金塘岛）。时，尚无沈家门渡之记载。
元大德《昌国州图志》记载，元世祖至元二十年（1283年）户口统计，昌国州内有概管户22640户；民户21606户（内僧人户43；儒户58；灶户702；医户43；匠户54；军户171；打捕户6）。共计人口126005人。沈家门人口聚居已多，称之为岙。该志乡村目记载：富都乡占东北总9都，有德行、鼓吹二里；甬东村（在东）、茹侯村（在南）。有翁浦、芦花、螺门、沈家门、小浦岙等83岙。该志津渡目又载：州内有舟山渡、竿缆渡、金塘渡沈家门渡、册子渡、泗洲塘（堂）渡。前三渡为南宋时所设，沈家门渡和册子渡、泗洲塘渡系新增设。其中沈家门渡设立时间，应在元世祖忽必烈至元成宗铁穆尔时期，且以《昌国州图志》成书年份即大德元年（1297年）为下限。
元代，舟山渡作为官渡通航于庆元（今宁波）府与昌国州之间，沈家门渡则通航于昌国州城（今定海）及普陀山、朱家尖、桃花、登步岛、六横诸岛间。沈家门岙居民需赴庆元、定海（今镇海），先由沈家门渡口乘渡船或翻越山间小道至昌国州城衜头，再转乘舟山渡船前往庆元和定海。
明洪武二年（1369年）降昌国州为县。明太祖以东南控海之地，乏兵以守，恐致寇害，命设卫所及巡检司隶县。十二年（1379年）立昌国守御千户所，十七年设昌国卫及岑港、螺峰、宝陀（普陀）、岱山四所巡检司。洪武十九年（1386年），汤和经略海上，奏请徙民废县，经王国祚面奏明太祖，力陈厉害，准留舟山岛547户、8805人。翌年废昌国县。昌国卫迁象山东门岛。舟山岛上留守中中、中左两千户所。自此，昌国之称易为舟山（县城亦称所城），隶属昌国卫（象山），二十五年（1392年）改隶定海卫（今镇海）懑洪武二十年（1387年），舟山所城南二里设舟山关，设螺头、椗次、大展、小沙、路口岭（今勾山街道芦花）、岱山6隘，沈家门寨、西碶寨、干缆寨3寨和烽堠28处。其中沈家门寨属舟山中左所管辖。时中中、中左两所有千、百户，镇抚共37员；旗军2240名。
沿海诸岛（山），为潮汐相通，倭夷贡寇必由之道。防陆莫先于防海。明初，沿海每卫各造大青及风尖八浆等船，量其大小，给兵仗、火器，并调拨旗军驾驶。据《中国海防史》记载，明朝廷对浙江海上御敌有所调整，主要是罢水寨海船守备（守备为总兵之下，驻守城哨，位次于游击将军），确立水军近海巡哨之制度。明成祖永乐年间（1403-1424年），在浙江，将各卫的兵船集中起来，在沈家门等处设立三水寨，以御倭寇于海上。
宪副曹时中数次临沈家门水寨（时间无考），分别赋诗《又临水寨》和《临沈家门水寨》（按志书之序排列）：
又临水寨
扬旗秉钺上艨艟，帆挂鲸泪破晓风。
山势极临昌国迥，潮声犹带石门雄。
三军鼓锐唯闻令，诸将同心拟奏功。
幸遇远人宾服久，不烦天子顾留东。
临沈家门水寨
才微身老一书生，水寨春深坐训兵。
山到极边看有色，潮回大海听无声。
分屯里堡三军肃，斗舰云旗五色轻。
击楫中流思共济，敢于生死负皇明。
明永乐间，沈家门等三水寨（余两水寨未点明）之设立，对加强浙江海上防御能力作用极大。历洪熙、宣德，至正统二年掣散水寨，历时二三十年，后缘何掣散水寨呢？
1436年，明英宗朱祁镇即位。未久，有人提出：自水寨建立后，屡有倭贼登岸杀掠，皆因城守乏人及水寨海船重大，非得顺风便潮，卒难驾驶，不能赴援。宜照洪武时例，各依卫所守备，改海船作快船，于巷（港）口守瞭，彼此就援，则倭贼畏慑，民人奠安矣。朝廷同意，遂撤销三个水寨。自此，朝廷弃远洋防守，注重于近海和海岸防守，海防思想更趋保守。正统四年（1439年）和正统七年，倭寇入侵的得逞，引起明朝廷对海防之重视，遂采取一系列措施整饬海防。正统七年（1442年）二月，海防卫百户罗贤提出，沿海每个卫所出船一只，官军100人，组成舰队出海巡哨，以御敌于海上。而巡按浙江监察御使赵忠和总督备倭都指挥佥事陈暹担心水军假此为由，出境谋利，反诱倭寇入境侵扰，而不予来纳。翌年八月，任总督备倭的李信提议：永乐中，原于沈家门等处立三水寨，合兵聚船，以备倭寇，海一向宁息。正统二年（1437年）始掣散水寨，各守地方，自此海盗益多。又况海宁、临山等卫，无港泊船，遇有儆意，拒敌良难，乞复旧为便。要求恢复永乐年间海上御敌之法，再重设沈家门等水寨。当时整饬浙江备倭事的户部侍郎焦宏未予同意。此前，即正统七年（1442年）二月，巡按浙江监察御史赵忠和李信的前任总督备倭陈暹提出：观海、定海（指镇海）、临山、宁海（海宁）四卫，虽皆近海，然多涨沙，倭寇卒难登岸。惟定海（今镇海）所属烈港、沈家门、黄溪港正冲要之所，乞将四卫并所属官军海船，各分其半，每三月一交代，俱赴烈（沥）港停泊，往来于沈家门。黄溪港及本境海道巡哨。并其它卫所调哨官军，每年俱正月中出海，七月中各还本卫所屯守、庶劳逸相均，防守不误。此建议被朝廷采纳，浙江遂建立起各卫所水军近海巡哨和观海、定海、临山、宁海四卫以部分兵力巡哨冲要海道之制度。浙江的防御体制是总督备倭领导下的南北两大防区之防守和各卫分散进行海上巡哨相结合。海上防守除集中部分兵力外，基本由各卫分散进行，势单力弱，远不如福建所设的水寨。
对沈家门水寨设立时间，亦有一说为洪武年间。总督胡宗宪《御海洋》文云：沈家门居定海（镇海）之东，相去二潮，乃宁绍之外户也。陈钱、马迹、大衢、洋山乃沈家门之外藩也。沈家门水寨乃信国公之所设，四山太远，孤悬海中，难于声援，不若沈家门与定海哨报极易策应（见《筹海图编》卷十二）。胡宗宪又在《舟山论》中写道：我太祖神明光见，置昌国于其上，屯兵戍守，诚至计也。信国以其民孤悬，徙之内地，改隶象山，止设二所，兵力单弱。虽有沈家门水寨，然舟山地大，四面环海，贼舟无处不可登泊；设乘昏雾之间，假风潮之顺袭至。舟山海大而哨船不多，岂能必御之乎？愚以为定海（今镇海）乃宁绍之门户，舟山又定海之外藩也，必修复其旧制而后可（见明天启《舟山志》册一）。
沈家门史为贡道、倭寇必经之路。明代宗景泰四年（1453年）四月，日本第二期第三次10艘勘合贸易船经双屿港抵达普陀山，停泊莲花洋后，明朝官府派出彩船百余艘前去欢迎，环绕使船赠送淡水、酒、食粮等物，待使船驶进沈家门时，宁波府官员又乘坐画舫50余艘，吹角打鼓前往迎接，然后由宁波巡检司派官船引航经定海（今镇海）驶入宁波港……贡道所经，于入寇最迩。明世宗嘉靖乙卯（1555年）夏，倭船百余只突犯普陀而入据之，遂至东陲鼎沸。及征兵七省，费金钱四十余万，幸而扑灭。嘉靖三十六年（1557年）四月，贼舟漂至沈家门，副使王询、总兵俞大猷令把总诱降五十三人，悉斩之。
明穆宗隆庆三年（1569年），舟山中中、中左两所选精壮兵丁526名建设舟山营，设把总官而驭，以五哨官月于三、六、九操习兵器，四时交会。其中舟山正兵哨：汛期，把总、哨官领兵船泊沈家门，听参将随宜调度。明张时彻(1504-？年)，鄞县人，官至南京兵部尚书）《防海议》：……今日之海防会哨，分于外海为第一重山，沈家门、马墓（目）之师为第二重，总兵督发兵船为第三重，倭夷之舟航勿与也；火器飈发，倭夷之短兵勿与也。折蛇豕之势，而免内地震骇之虞。言海防之重要，海防固，则内地固，从中亦见沈家门水师之重要。又据《浙洋守御论》记载：沈家门可避四面飓风；石牛港、乌沙门可避二面飓风……
为加强舟山防御，明熹宗天启二年（1622年），调山东济宁游击将军何汝宾（苏州人）任舟山参将，翌年擢为宁绍副总兵，其对军事颇有研究，有军事著作《兵录》传世。何氏于天启六年编修成《舟山志》，示险要，列兵防，为明代舟山唯一官修志书。其山川目载，舟山有港15：舟山关港、岑港、烈港、双屿港、马墓（目）港、长峙港、长途港、穿鼻港、沈家门港、白沙港、石牛港、岙山港、青龙港、沍泥港、忝呑港。其中沈家门港：总哨兵船驻此。又载沈家门寨：原系水操之地，有军防守，近背贩同（皆取回）。番船去来皆泊此。内有赵岙、南岙、芦花岙、大岙，去寨三五里，向居民筑墙大岑，阻截总路。近径由水路或闻道而入，累被劫掠，更须慎御，庶克有济。沈家门山：正兵哨驻此。舟山正兵哨，配中军把总1员，旗牌兼领哨1员，福船2艘、冬仔船1艘、乌船2艘、沙船3艘、民唬船7艘、军唬船2艘、划船6艘，民捕舵兵425名、军捕舵兵并贴协驾军兵90名。舟山水师所用之海舟，以乌槽船为首，与大福船同列一等。耐波涛，且御火，能容百人，底尖上阔，艏昂艉高，楼三重，帆桅二。
明代，劈有杭州至补陀山（普陀山）的水上交通路线：杭州启程，到宁波府后，入西郭门，出东大门，到桃花渡，上香船（烧香船）去普陀山，经70里到定海（今镇海），出浑（横）水洋，顺风甚快，无风难期，经150里到舟山所（今定海），又80里到沈家门，过莲花洋、石牛港、缶八孟山，共70里到普陀山。至天启年间，舟山境内渡口大多废弃，《舟山志》载：舟山中中、中左两所只存旗军1116名，沈家门渡、金塘渡、册子渡、四洲堂渡、嵩梓渡（大榭）皆废；舟山渡、竿缆渡仍通航。
综上所述，简言之：
沈家门 距今884年前的北宋宣和五年（1123年），徐兢出使高丽，乘神舟由定海（今镇海）出发，途经并泊沈家门。翌年撰成《奉使高丽图经》。其海道卷中记载：……山与蛟门相类，其势连亘，尚属昌国县。其上渔人、樵客丛居十数家。就其中以大姓名之。……此为沈家门地名最早之记载。
沈家门渡 设于元大德元年（1297年），距今已有710年历史。元成宗大德二年（1298），昌国州判官冯福京、邑人乡贡进士郭荐等修成《昌国州图志》，为著名的《宋元四明六志》之一。至元二十年（1283），昌国州内有居民4万4千余户，12万6千余人，地处舟山岛东南端的沈家门，亦因居民聚居多而被称为沈家门岙，为富都乡九都八十三岙之一岙。且正式设立沈家门渡，置有渡船，且行驶一定航线，有一定航班。实为沈家门民用港之雏形。
沈家门寨（水寨） 明洪武二十年（1387年），废昌国县后，信国公汤和所设，距今已620年。原为水操之地，有军防守。《中国海防史》载：……宜照洪武时例，各依卫所守备，改海船作快船，于港口守瞭，彼此就援。
沈家门水寨 《中国海防史》记载，永乐间浙江设有三个水寨。在浙江，将各卫的兵船集中起来，在沈家门（今舟山普陀区沈家门镇）等处设立三水寨，以御倭寇于海上。对于三水寨之作用，正统八年（1443年）八月，时任总督备倭的李信如此评价：永乐中，原于沈家门等处立三水寨，合兵聚船，以备倭寇，海道一向宁息。沈家门等三水寨对整个浙江的防御所起作用由此可见。掣散水寨缘由，立水寨加强海防，而陆上城守乏人，倭贼登岸杀掠，水寨之海船重大，须得顺风便潮，卒难驾驶，不能赴援。正统二年（1437年）始，掣散沈家门等三水寨。
沈家门港 明天启《舟山志》载，沈家门港：总哨兵船驻此。
纵观古代沈家门港发展史。可分元代的民用港雏形，明代的军港。元代的沈家门渡，若非朝代更迭，沈家门民用港一定会向正常方向发展，但元朝统治中国仅百年就宣告结束。
明朝廷因倭患与内乱，徙民废县，驻扎军队，沈家门港遂向军港发展。洪武二十年置沈家门寨，明成祖朱棣永乐七年（1409年）立沈家门等三水寨，至明英宗朱祁镇正统二年（1437）掣散水寨，历时28年。这28年为沈家门军港史上鼎盛时期。至明末正式定为沈家门港，其仍为军港。
从元大德元年（1297年）到明思宗崇祯17年（1644年，未含明鲁王朱以海移驻舟山之历史），在沈家门港前期古代史中，历经了沈家门渡-沈家门水寨-沈家门港漫长的347年发展之路。
沈家门港为今舟山港的组成部分，沈家门港古代史亦为舟山港古代史之组成部分。既然元代设有沈家门渡，那么，探源沈家门港的历史，应始自元代。
