法律分析：工程预付款应在工程开工后完成工程量达一定比例时在支付工程进度款时扣回或折抵进度款。
法律依据：《中华人民共和国审计法》
第十六条 审计机关对本级各部门(含直属单位)和下级政府预算的执行情况和决算以及其他财政收支情况，进行审计监督。
第二十二条 审计机关对政府投资和以政府投资为主的建设项目的预算执行情况和决算，进行审计监督。
《国家重点建设项目管理办法》第二十三条 挪用、截留国家重点建设项目资金的，由审计机关、财政机关追还被挪用、截留的资金，予以通报批评，并提请有关主管部门对负有直接责任的主管人员和其他责任人员依法给予行政处分；构成犯罪的，依法追究刑事责任。
《建设项目审计处理暂行规定》第三条 凡属国家规定必须进行开工前审计的建设项目，未取得审计机关出具开工前审计意见书而擅自开工建设的，应当建议有关主管部门责令其停工，并履行审计手续；不按规定时限履行审计手续的，视情节处以总投资1%以下的罚款，罚款由建设单位以自有资金支付。