子女当年度本科毕业，子女教育应当在毕业的月份就结束扣除，也就是在6月份就毕业的，其专项附加扣除在6月30日内就结束了。
根据《个人所得税专项附加扣除操作办法（试行）》第三条纳税人享受符合规定的专项附加扣除的计算时间分别为：
（一）子女教育。学前教育阶段，为子女年满3周岁当月至小学入学前一月。学历教育，为子女接受全日制学历教育入学的当月至全日制学历教育结束的当月。
（二）继续教育。学历（学位）继续教育，为在中国境内接受学历（学位）继续教育入学的当月至学历（学位）继续教育结束的当月，同一学历（学位）继续教育的扣除期限最长不得超过48个月。技能人员职业资格继续教育、专业技术人员职业资格继续教育，为取得相关证书的当年。
（三）大病医疗。为医疗保障信息系统记录的医药费用实际支出的当年。
（四）住房贷款利息。为贷款合同约定开始还款的当月至贷款全部归还或贷款合同终止的当月，扣除期限最长不得超过240个月。
（五）住房租金。为租赁合同（协议）约定的房屋租赁期开始的当月至租赁期结束的当月。提前终止合同（协议）的，以实际租赁期限为准。
（六）赡养老人。为被赡养人年满60周岁的当月至赡养义务终止的年末。
关于子女教育专项附加扣除的规定。
《个人所得税专项附加扣除暂行办法》第五条纳税人的子女接受全日制学历教育的相关支出，按照每个子女每月1000元的标准定额扣除。学历教育包括义务教育（小学、初中教育）、高中阶段教育（普通高中、中等职业、技工教育)、高等教育（大学专科、大学本科、硕士研究生、博士研究生教育）。年满3岁至小学入学前处于学前教育阶段的子女，按本条第一款规定执行。
第六条父母可以选择由其中一方按扣除标准的100%扣除，也可以选择由双方分别按扣除标准的50%扣除，具体扣除方式在一个纳税年度内不能变更。
以上内容参考 国家税务总局——个人所得税专项附加扣除操作办法（试行）