国有独资公司章程的制定，由国有资产监督管理机构负责，或者由董事会拟定后获得其批准执行。在国有独资公司的架构中，股东会的功能由国有资产监督管理机构代为行使。对于公司的重大决策，如合并、分立、解散或申请破产，一般由该机构决定，但对于重要公司的这类关键操作，需先由国有资产监督管理机构审核，再经本级人民政府批准，具体重要性标准由国务院制定。
国有独资公司设有董事会，其职权与普通有限责任公司相似，每届任期不超过三年，董事可连任。董事会中必须包含公司职工代表，董事的委派由国有资产监督管理机构进行，而职工代表则由公司职工代表大会选举产生。董事长和副董事长由该机构从董事会成员中指定，经理的任免也由董事会决定，且经国有资产监督管理机构同意，董事可兼任经理。
对于高级管理岗位，国有独资公司的董事长、副董事长、董事和经理，未经国有资产监督管理机构的同意，不得在其他公司兼职。监事会是公司的监督机构，至少需有五名成员，其中至少三分之一为职工代表，监事会成员由国资监管机构委派，职工代表由职工代表大会选举产生，监事会主席同样由国资监管机构指定。监事会的主要职责包括检查公司财务、监督高管行为、提出罢免违规高管的建议，以及纠正损害公司利益的行为，其他职权则根据国务院的规定执行。
国有独资公司是指国家单独出资、由国务院或者地方人民政府授权本级人民政府国有资产监督管理机构履行出资人职责的有限责任公司。国有独资公司符合有限责任公司的一般特征：股东以其出资额为限对公司承担责任，公司以其全部法人财产对公司的债务承担责任。但同时国有独资公司是一种特殊的有限责任公司，其特殊表现为该有限责任公司的股东只有一个——国家。这是《公司法》为适应建立现代企业制度的需要，结合我国的实际情况而制定的。