北京市第三十九中学的新校舍，于2002年8月由市区两级政府斥资9000万元建成，是一座以六层教学大楼为核心的现代化校园。占地面积达1.3万平方米，主体建筑占用面积18000平方米，能容纳32个教学班。学校内设有多功能实验室，如化学、物理、生物各3个，总面积900平方米；还有10个专用教室，包括计算机房、美术、音乐、历史、地理等，总面积950平方米。校内设施齐全，设有图书馆350平方米、阅览室300平方米，以及电子备课室、学生电视台、多功能厅、报告大厅、形体健身房、体育馆和游泳馆，满足了全方位的教育需求。此外，学校还拥有一个可供1000人用餐的食堂，以及4749平方米的环形跑道、人工草皮操场和998平方米的羽毛球场，体现了其现代化和多元化的体育设施。
学校的教学设备先进，每个教室都配备了计算机、实物展台和背投等多媒体设备，网络设施完善，具备自动化办公条件。电子图书阅览和绿色生态展示基地展示了学校高水准的教学和管理技术。具体设施包括：
北京市第三十九中学是一所历史悠久的普通完全中学。其前身是光华女中、耕莘中学（两所寄宿制教会学校），1952 年由北京市人民政府接管后，正式命名为北京市第三十九中学。80年的历史积淀，使学校有着优良的教育传统，多年来为国家培养了数以万计的优秀人才。