农业生态环境监测的指标体系包括条件指标和压力指标，这两类指标能够反映一定区域农业生态系统的生态环境特征。通过监测这些指标，我们可以了解系统在资源开发和环境改善方面的潜力。
1. 生境亚类
- 大气：包括大气背景值和降雨pH值。
- 土壤：包括土壤类型、土壤元素背景值和土壤质量（肥力、水分、质地、厚度）。
- 水：包括地表水状况和地下水状况。
- 气候：包括年降水量、降水分步均匀度、灾害性天气日数、无霜期、蒸发量和常年风速。
- 景观：包括绿色植被率、人均绿地面积、农区土地与植被的比例以及景观和旅游资源的保护程度。
2. 资源亚类
- 土地资源：包括土地总面积、草原面积、农田悔差面积、可模没利用水域面积、可利用山地丘陵面积、可利用滩涂面积和可利用湿地面积。
- 水资源：包括水资源总量、可利用水资源量、农业用水总量和灌溉用水量。
农业生态环境监测指标体系还包括以下几个方面：
- 大气质量指数，评估因子包括二氧化硫、氮氧化物、总悬浮微粒、氟化物。
- 水质量指数，评估因子包括pH值、铅、砷、汞、铬、镉、氯化物、氰化物、溶解氧、COD、BOD5、氟化物、细菌总数和大肠菌群。
- 土壤质量指数，评估因子包括pH值、铅、砷、汞、铬、镉、六六六、DDT。
- 农产品质量指数，评估因子包括铅、砷、汞、铬、镉、六六六、DDT。
- 林草覆盖率指数，计算公式为当地林草覆盖率除以当地林草覆盖率目标值。
- 水量保证率，计算公式为该区域本年度实际供水量除以该区域本年度期望供水量。
- 农田灌溉指数，计算公式为灌溉农田面积除以总农田面积。
- 草场载畜量指数，计算公式为草场实际载畜量除以草场理论载畜量。
这些指标反映了系统内生态环境状况及资源可利用程度，其中包括：
- 水土流失率，计算公式为土地流失总面积除以土地总面积。
- 土壤有机质升降变化率，计算公式为本年度土壤有机质平均含量减去上年度土壤有机质平均含量，再除以上年度土壤有机质平均含量。
- 耕地损失指数，计算公式为多年平均耕地减少面积除以耕地总面积。
- 土地沙化盐渍化变化率，计算公式为上年度土地沙化盐渍化面积减去本年度土地沙化盐渍化面积，再除以上年度土地沙化盐渍化面积。
- 水面面积变化率，计算公式为上年度水面面积减去本年度水面面积，再除以上年度水面面积。
- 捕捞强度，计算公式为每年实际捕捞量除以每年允许捕捞量。
- 农副产品污染超标率，计算公式为农副产品污染物含量除以允许的污染物含量减去1。
此外，还有反映生态环境恶化状况及治理改善程度的指标：
- 废水处理率和废水处理达标率。
- 废气治理率和粉尘处理率。
- 烟尘处理达标率和废渣治理率。
还有反映工矿企业对生态环境影响的指标：
- 化学农药的使用面积和单位面积使用量。
- 化肥的使用面积和单位面积使用量。
- 塑料地膜使用面积和单位面积残留量。
以及反映生态建设中积极因素的采纳、推广程度的指标：
- 综合防治病虫害面积占总面积的百分数。
- 清洁能源占农村能源的百分率。
- 低产田改造率。
- 秸秆还田率。
最后，系统抗灾能力用系统内产量变动率表示，该指标反映系统的稳定程度。
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