水利部直属预算单位的政府采购审计办法详细规定了五个关键环节的审计程序，包括公开招投标、邀请招标及其他采购方式。
一、公开招投标审计
审查招标程序的合规性，包括自行招标或代理招标的协议签订，招标公告的发布平台，招标时间的合规性，招标文件的法律性和完整性，以及是否存在串通、虚假招标等违规行为。
投标审计关注投标人的资质，投标文件的编写和提交，联合投标的资格，保证金的提交，以及是否存在不正当竞争行为。
开标、评标与定标审计涵盖开标过程的公开公正，评标程序的合法性和公正性，以及中标结果的公示和处理异议的程序。
二、其他采购方式审计
邀请招标审计重点关注项目条件、供应商选择和邀请数量的合规性。
竞争性谈判审计检查谈判小组的组建、供应商资格和谈判文件的合规性。
询价采购审计则审查询价小组的组建、供应商选择、询价方案和成交原则。
单一来源采购审计着重于采购行为的合规性，项目质量和价格的合理性。
最后，审计还会确保所有采购文件的完整性，包括采购活动记录、预算文件、合同文本等关键文件的保存。
扩展资料《水利部直属预算单位政府采购审计办法》（水审计2006311号）是为了加强部直属预算单位政府采购的审计监督，规范审计行为,保障政府采购活动公开、公平、公正，提高政府采购资金使用效益，加强廉政建设，根据《中华人民共和国政府采购法》、《中央单位政府采购管理实施办法》、《水利部直属预算单位政府采购管理实施办法》及有关规定而制定的办法。