在人类与疾病的长期斗争中，抗生素的确为人类健康做出了一定的贡献，但是，过分依赖抗生素，把抗生素当成救世良药的观点和做法是极其片面和不正确的。
民间有句话叫“是药三分毒。”无论何种药物，都是一把双刃剑，在治病的同时也可以致病，既可以驱除“病邪”也可以损害机体。抗生素也同样不能例外。中国中医科学研究院陆广莘教授指出：“抗生素犹如人体的‘农药’。”
这是一个非常确切的比喻。他同时指出：“任何外源性的替代和补充，都对生命健康具有不利影响。”抗生素的广泛、大量、长期应用，“农药”效应也完全显现了出来，
其缺陷和危害有如下：
一、病原体的快速变异：由于抗生素进入人体后，不论其作用机理如何，其结果都是杀死病原体或者是抑制它的繁殖，为了不断提高临床疗效，抗生素的更新也在不断的进行中。在与病原体的较量中，最终的结局是导致病原体的变异，抗生素品种的不断快速更新和增加，病原体也随之快速地变异。目前疾病谱的不断增加就是长期应用抗生素导致病原体变异的结果。
二、耐药菌株的增加：由于抗生素的长期、大量、广泛地用于临床，导致病原体对抗生素的敏感性明显降低或者失去敏感性。在对住院病人进行的细菌敏感试验中，经常能看到一些不动菌，什么抗生素对这些细菌都失去作用，这也是由于抗生素导致病原体变异形成的后果，目前耐药菌株有不断增加的趋势，给临床治疗造成了新的困难。
三、人类痛苦增加：为了对付耐药菌，不得不研制新的抗生素，目前抗生素的种类之多，发展之快出乎人的预料。这种花费大量的人力物力与病原体的较量的结局是人类的惨败，人类的负担加重、痛苦增加，受伤的最终还是人。首先是医疗成本的增加，其次是人体机能的受损，精神和肉体受到双重折磨。
四、不能产生免疫物质而且抑制机体免疫机能：抗生素抑制机体免疫机能的机制主要是：
1、抑制和破坏免疫细胞的增殖和功能;
2、抑制免疫物质的产生和干扰其活性;它的这些破坏作用是从两个方面实现的：一是对免疫系统的直接损害;二是使人体失去产生免疫物质的机会。免疫物质是人体在与微生物相互斗争的过程中形成的，是人体抵抗力的重要体现，有了某种免疫物质也就意味着具有了抵抗某种病原体的特殊能力。
人的健康就是这样在长期与病原体的不断斗争中获得和保持的。免疫物质是病原体和人体组织持续作用的结晶，需要经过一定的过程和时间才能产生。当人体受到外来异物刺激后，免疫细胞会大量增殖、趋化，然后将其包裹、吞噬、消化、分解，最后排出体外，通过这样一个抵抗外来异物的完整过程，机体就自动产生了免疫物质。
抗生素使病原体很快被破坏或者变异，组织细胞不能和病原体持续作用，也就失去了产生免疫物质的条件和机会，机体的免疫系统也不能对其识别而不能及时产生相应抗体，从而使机体免疫力下降。
五、不能清除已经被杀死的病原体：人体具有抵抗、清除外来异物的天然能力，这种能力是人类长期进化的结果。外界异物进入人体后，人体会产生出许多具有吞噬能力的免疫细胞，通过对异物的吞噬、消化、分解，最终将其排出体外。
抗生素虽然具有杀灭部分病原体的能力，但没有清除能力，抗生素不能作用的病原体，及其被杀灭后形成的碎片、释放出来的毒物，仍然需要依靠机体的自身作用将其排出。
六、损害组织器官：抗生素对人体组织的损害非常明显，主要有两个方面：一是病原体破坏后产生的碎片和释放的毒物对人体组织的损害作用;人体自身抵抗病原体是将其完整吞噬，并在细胞内进行分解，不会造成对组织细胞的损害。而抗生素作用后的这些碎片和毒物则是存在于细胞外，直接与组织器官相接触而造成损害。
同时，随病原体不断地被破坏，组织间隙内的毒物也不断增加，并不断地被吸收入血而造成毒血症。
二是抗生素自身对机体组织造成的直接损害;所有的抗生素都对人体有明显地毒害作用，可以对多个器官造成损害，最容易受到抗生素损害的器官是肾脏、肺脏、肝脏，还有对神经系统、造血系统、消化系统的毒害作用在临床上也是屡见不鲜的，曾有资料显示，有相当一部分重症患者在入院前就已经造成肾功不全、呼功不全、肝功不全，追其病史，均与使用抗生素有关。
七、菌群失调：祖国医学认为：人作为一个有机整体，是天地合一的产物，与自然界保持着一种对立统一的关系。人体与自然界、人体与其他生物、人体自身各系统之间保持着相互依存、相互制约的平衡和谐关系，这些正常的平衡和谐关系一旦被打破，就导致疾病的发生。
现代医学认为：人体的一些与外界相通的腔道内，存在有大量的各种微生物，这些微生物长期生存于人体内，它们之间、它们与人体之间经过长期的进化，已经形成一种彼此共生、共存的统一整体，如果某一部分的力量失衡，疾病就会不可避免地发生。抗生素就是破坏这种平衡的罪魁祸首，常常会造成人体内的菌群失调而出现很多的并发症，这种现象在临床上枚不胜举。
另外，抗生素不能杀灭所有的病原体，例如对芽孢、病毒等，而且也不能修复被破坏的机体组织。
综上所述，很显然，人体从发病到恢复健康，起决定因素的根本不是抗生素，而是人体自身的恢复能力，抗生素只能起到辅助作用，起不到根本性的决定作用。因此，我们对抗生素要有客观的认识，要把健康的维护立足在机体的抵抗力培养上，以及祖国医学对健康维护的观点上，不能动辄就依赖抗生素等外来物质。