福建医科大学现有19个学院、部，23个本科专业（方向），博士学位授权点22个，硕士学位授权点59个、专业硕士学位授权点2个。
目前，学校有临床医学博士后科研流动站1个，科研机构65个，福建省“211”工程重点学科2个，省重点学科13个，省科技厅优先发展学科8个，学校重点学科6个，省医学重点专科6个，省领先医疗特色专业5个，省高校重点实验室3个，承担着大量的科研任务，成果显著。
学校特色专业
护理学
主要学习医学、预防保健的基本知识，护理专业就业率一直较其他专业要高很多，几乎达到100%，毕业后在护理领域内从事临床护理、预防保健、护理管理、护理教学和护理科研工作
临床医学
全国排行30名左右，发展前景很好，主要学习基础医学、临床医学的基本理论，毕业生能在医疗卫生单位、医学科研等部门工作
预防医学
医大的预防医学有50多年历史，是个老牌子专业，师资力量不错，预防医学的前景很好，学生主要学习基础医学、预防医学知识，毕业生能在卫生防疫、环境卫生或食品卫生监测等机构工作
药学
学生学习药学学科基础知识，掌握药学实验方法和技能，能在药品生产、检验、流通、使用和研究与开发领域从事鉴定、药物设计、一般药物制剂及临床合理用药等方面工作