明朝除在藏族地区设置卫所外，还利用藏传佛教在藏族地区的深远影响，大力封授各派宗教首领和人士，推行僧纲制度，通过宗教加强明朝对广大藏区的影响。当时藏传佛教在西藏派系颇多，除控制卫藏地方政权的帕竹噶举派以外，尚有势力遍及川、康、卫藏的噶玛噶举派，以及势力仍强的萨迦派和后来居上的格鲁派等。明朝治藏政策的核心被概括为“多封众建，因俗以治”。“多封众建”与“因俗以治”互为表里、相互支撑，即“多封众建”为表，则“因俗以治”作为其政情民俗的基础和政策理念为里；若“因俗以治”为表，则“多封众建”作为其政策措施的支撑为里。在明朝对这些藏传佛教的宗教首领人士的封授中，以永乐年间、宣德年间加封的“三大法王”和阐化王、护教王、赞善王、辅教王、阐教王等五个王最为重要，其次为大国师、国师及禅师等。
明朝在藏区所封的“王”则与一般意义的“王”有所不同。在藏区所封的“王”既是掌管一方的地方首领，又往往具有佛教僧人的身份；既有掌管一方地区行政的世俗的王的成分，也与宗教的法王相类似的成分。其中“三大法王”的封号，均由师徒或转世相传承，无须再听朝命。而五王及灌顶国师等，其职号的承袭、替代都必须由承袭者遣使或亲自入朝申请承袭，上缴原颁印信、诰敕，旨准后方颁赐新的印信、诰敕，至此完成袭职手续。重要首领，特别是诸王的承袭一般均由朝廷遣专使往封。
明成祖不但封藏传佛教领袖为大宝法王、大乘法王等，而且对他们的弟子也封给大国师、国师的名号。从明成祖到景泰帝、成化帝，明朝封了许多藏族僧人为大国师、国师等，并赐给封诰和印章，明朝所封授的大国师、国师等职，不仅仅是一个名号，而且还有品级。一般大国师为秩四品，国师为五品，禅师为六品，他们在京城，还给以俸禄，所以当时留居北京的藏传佛教僧人很多，其开支全由光禄寺供应。1435年明宣宗去世，明英宗即位，年方九岁。当时明朝为节约开支，曾下令减少在京居留的藏族僧人。据统计当时在北京各寺院中仅官府认为应当减去的藏族僧人即达1100多人。明英宗掌政后仍然大量封授藏族僧人，在宪宗成化、孝宗弘治、武宗正德年间更达到高峰，宪宗成化末年有时一次升职授职的藏族僧人达数十人之多，明武宗还专门在西华门内修建了一座“豹房”，同藏族僧人一起诵经、研习经典，以致于有记载说明武宗通晓梵（藏）语，他还自封为大庆法王，自已给自己颁发了一枚“定为天字一号”的“大庆法王西天觉道圆明自在大定慧佛”的金印。1515年明武宗派太监刘允到西藏赍送番供等物，迎请“活佛”。刘允这次出使，动员大批人力财力，严重扰乱地方，耗费巨大，结果却完全失败。到明世宗嘉靖时，由于明世宗崇信道教，排斥藏传佛教，藏族僧人在北京的活动才进入低潮。 “大宝法王”的是噶玛噶举派的五世噶玛巴活佛得银协巴。他在康巴一带巡游传法，很有名声，于是明成祖在他正式即位的当年“遣司礼监少监侯显赍书、币往乌思藏，征尚师哈立麻。盖上在藩邸时，素闻其道行卓异，至是遣人征之”。噶玛巴得知消息后，于1406年从楚布寺出发。当年七月，噶玛巴在康巴噶玛寺见到了侯显等使者，领受诏书，即随侯显等人一道前往南京。他们经青海一路于十一月抵河州。然后经陕西、河南、安徽，乘船入长江，于1407年藏历正月抵达南京，驻锡灵谷寺。噶玛巴先率领僧众在灵谷寺设十二坛城为明太祖夫妇作超度法事十四天，后在皇宫中设坛为明成祖传授了无量灌顶，讲经译经。明成祖对噶玛巴活佛表现了非常的倚重和尊崇，授予了他超过明太祖对藏传佛教首领加封的惯例的封号。
1407年三月丁已，明成祖封得银协巴为“万行具足十方最胜圆觉妙智慈善普应佑国演教如来大宝法王西天大善自在佛”，命他领天下释教，赐印、诰及金、银、钞、彩币、织金珠袈裟、金银器皿、鞍马，并封其徒孛隆逋瓦桑儿加领真为“灌顶圆修净慧大国师”、高日瓦领禅伯为“灌顶通悟弘济大国师”、果栾罗葛罗监藏巴里藏卜为“灌顶弘智净戒大国师”，并设盛宴于华盖殿，宴请噶玛巴师徒。噶玛巴得银协巴在南京、五台山等地停留达一年多，于1408年四月辞归，明成祖赐给他白金、彩币、佛像等物，派中官护送 “大慈法王”的是明朝时期新兴的格鲁派的代表人物释迦也失，而释迦也失是代表其师宗喀巴应诏入朝，觐见皇帝。明成祖通过帕竹第悉、内邬宗本等人的介绍和明朝入藏使者的报告而注意到格鲁派的创始人宗喀巴。明成祖二次派人入藏召宗喀巴进京，但召宗喀巴其门下弟子代他入朝进京。释迦也失同入藏使者侯显等启程前往内地。其经山南、康巴、理塘，抵达成都附近。当一行人进入成都府城内时，接到明成祖的诏书，曰：“今闻上师你已离西土，不顾途中风雨烈日寒暑，渐次已行数万里之遥，前来此处，故朕心甚悦，难以言说。现今复遣人于途中赠礼迎接，以示缘起，以表朕心。”1413年11月，释迦也失等到达北京城附近时，受到九门提督等官员的欢迎。在大小官员的接送下，释迦也失下驻海音寺（或法音寺），再次受到明成祖的诏谕，诏谕表示明成祖十分高兴释迦也失“不计数万里之路，跋山涉水，触风冒雨，历尽艰辛前来，”考虑到其“远途而来，身体疲乏”，谕示释迦也失面圣时可免行礼。明成祖在大善殿接见了释迦也失，还为他举行了盛大的接风宴会，并多次给予赏赐。1415年4月，明成祖“命尚师释迦也失为妙觉圆通慧慈普应显教灌顶弘善西天佛子大国师，赐之诰命。”释迦也失在京期间，用医药和传授灌顶的办法治好了明成祖的重病。
此外，还在五台山建了六座寺院，这些寺院按照藏传佛教格鲁派的修行次第修习佛法。1416年，释迦也失回到拉萨后，用从汉地带回的大量财物建造了拉萨三大寺－色拉寺。1425年5月，释迦也失再次进京（此时明朝已经迁都北京），在北京居住十余年，期间宣德皇帝封其为“万行妙明真如上胜清净般若弘照普慧辅国显教至善大慈法王西天正觉如来自在大圆通佛”。释迦也失于1435年在返藏途中去世，享寿82岁。
