司马迁是崇尚儒家的。
《史记》作为中国传统史学公认的经典之作，与其他传统文学一样受到儒家思想的深刻影响。司马迁是《史记》的编纂者，出生在一个世代史官的家庭，其父司马从小受到文化熏陶，接触了诸子百家的经典著作，思想比较庞杂。然而其中对他影响最大的还是儒家思想。下面分别从司马迁对儒家的推崇，史记里人文精神、王道政治、和谐思想来说明儒家思想对司马迁写作《史记》产生了影响。
《太史公自序》既是读懂史记的钥匙，也反映了司马迁修史的指导思想。其中很关键的一句话就是：“太史公曰：先人有言：‘自周公卒五百岁而有
孔子。孔子卒后至于今五百岁，有能绍明世，正易传，继春秋，本诗书礼乐之际？’意在斯乎！意在斯乎！小子何敢让焉。’”司马迁显然是以道统自居，以继承孔子思想为己任的。
太史公自序中，司马迁自述年仅十岁便已习诵古文。二十岁北渡汶水、泗水，在齐、鲁两地的都会研讨学问，考察孔子的遗风。可见他对儒家思想是十分钦慕的。
武帝即位后，司马谈被任为太史令，举家迁居长安，他又学习“古文”（即秦以前的文字），向当时经学大师董仲舒学习公羊派《春秋》，司马迁的父亲从杨何那学习儒家的经典易，司马迁也得到了真传。司马迁编纂史记的原则是“究天人之际，通古今之变。”春秋讲述的微言大义，
易经讲的变化，都和这个原则是一脉相通的。司马迁不仅很推崇儒家六经，更视春秋为君臣，父子都必须通晓的礼义之大宗。
《史记》的体例安排是以人物为中心的纪传体，分为本纪,世家，列传，书，表共一百三十篇。其中世家一体本来是用以记各国诸侯。孔子一没有封侯，二没有封地，门客，兵士，以一介寒儒能置身于世家之列，不能不说是司马迁对其的特殊的尊敬。在人物立传上除了有孔子世家，还有儒林列传，仲尼弟子列传等，是儒家学派的群体传记。孔子世家通篇着力刻划了孔子的圣人形象，无论是道德，学问，还是政治，人伦，都达到了一个几乎完美的境界。在篇末还表达自己对孔子的敬仰之情，“高山仰止，景行行止。虽不能至，心向往之。”
《史记》重点在于塑造人物,可以说是儒家人文精神的继承和发扬.史记所渗透的人文精神是多方面的。其中仁，爱，礼，智，信使这些人物身上闪现出儒家的光彩。《史记》里写到“孔子言“善人之治国百年，亦可以胜残去杀”。诚哉是言！"仁者爱人，克己复礼为仁.《史记》中的
汉文帝既是一个仁爱宽厚、从谏如流的贤君,汉文帝在位二十三年，采取休养生息的政策，国力大大得以恢复。而
汉高祖刘邦以武力平定天下，开始的时候轻视礼仪。曾为秦博士的孙叔通安儒家传统为刘邦排演了一整套汉家礼仪，帮助刘邦感受礼乐教化的益处。至于智者的描写在史记中更是多不胜数。像苏秦张仪之类的谋士，史记中对其重大事迹都进行了精细刻画的。诚信是立足之本，司马迁对信义相当看重，如
韩信千金赠漂母，不仅是知恩图报，也是对自己一句诺言的遵守。总之，史记李渗透的儒家精神得到了社会的广泛认同，并对后世产生了深远的影响。
孔子主张“为政以德”，他认为用刑法来统一老百姓的行动，百姓只是求免于犯罪受罚，却没有羞耻之心。用道德教化来引导百姓，用礼制来统一百姓的行动，百姓就会有羞耻之心，并且自觉地走上正道了。无论人性善恶，都可以用道德去感化教育人。这种教化方式，是一种心理上的改造，使人心良善，知道耻辱而无奸邪之心。这是最彻底、根本和积极的办法，断非法律制裁所能办到。德治思想，就是司马迁十分崇尚的理想的帝王政治。司马迁记叙上古三代的历史，突出五帝三王是以德来治理天下的。
《五帝本纪》显示出从远古以来在时间上相延续的德治。
黄帝，颛顼，帝喾，唐尧皆能修德，明德，最后总结出天下明德自虞帝始。在
《殷本纪》里对荒淫无道，不修德政的商纣王进行了严厉的批判。