有南京大学、东南大学、南京农业大学、河海大学、南京航空航天大学等。
1、南京大学
南京大学（Nanjing University），简称“南大”，是中华人民共和国教育部直属的综合性全国重点大学，位列世界一流大学建设高校、”211工程“、”985工程”。
南京大学其学脉可追溯自孙吴永安元年（258年）的南京太学，近代校史肇始于1902年创建的三江师范学堂，此后历经两江师范学堂、南京高等师范学校、国立东南大学等历史时期，1949年由民国时期国立中央大学易名国立南京大学，1950年径称“南京大学”并沿用至今。
截至2019年3月，南京大学有仙林、鼓楼、浦口、苏州四个校区，设有31个直属院系，开设本科专业88个，有博士后流动站38个。
一级学科国家重点学科8个、博士学位授权一级学科38个、专业博士学位授权点1个，硕士学位授权一级学科8个、专业硕士学位授权点25个，有教职工4647人，有各类学生总计56068人。
2、东南大学
东南大学（Southeast University）简称“东大”，位于江苏省会南京，是中华人民共和国教育部直属、中央直管副部级建制的全国重点大学，建筑老八校及原四大工学院之一，国家首批双一流（A类）、211工程、985工程重点建设高校。
东南大学前身是创建于1902年的三江师范学堂。1921年以南京高等师范学校为基础建立国立东南大学，下设工科，其后工科又经历国立第四中山大学工学院、国立中央大学工学院、国立南京大学工学院等历史时期；
1952年全国院系调整，以原南京大学工学院为主体，并入复旦大学、交通大学、浙江大学、金陵大学等学校的有关系科，在中央大学本部原址建立南京工学院；
1988年5月，学校复更名为东南大学；2000年4月，原东南大学、南京铁道医学院、南京交通高等专科学校合并，南京地质学校并入，组建新的东南大学。
截至2019年3月，学校设有33个院系，拥有77个本科专业，33个博士学位一级学科授权点，49个硕士学位一级学科授权点，5个国家一级重点学科（涵盖15个二级学科）。
5个国家二级重点学科，1个国家重点（培育）学科，12个江苏高校优势学科建设工程三期项目立项学科，1个江苏省重点序列学科，17个“十三五”江苏省重点学科，30个博士后科研流动站。
3、南京农业大学
南京农业大学（Nanjing Agricultural University）坐落于南京市，是一所以农业科学与生命科学为优势和特色，农、理、经、管、工、文、法学多学科协调发展的教育部直属全国重点大学，是国家“双一流”、“211工程”。
南京农业大学前身可溯源至1902年三江师范学堂和1914年金陵大学。
1952年全国高校院系调整，以金陵大学和原国立中央大学的农学院系为主体，以及浙江大学部分系科，合并成立南京农学院。1963年被确定为全国重点大学。1984年更名为南京农业大学。
截至2018年3月，学校设有19个学院（部）、62个本科专业、31个一级学科硕士学位授权点、17个一级学科博士学位授权点和15个博士后科研流动站，拥有4个一级学科国家重点学科、3个二级学科国家重点学科和1个国家重点（培育）学科。
有全日制本科生17000余人，研究生8500余人。校区总面积9平方公里，建筑面积74万平方米，资产总值35亿元，图书资料收藏量超过235万册，拥有电子图书1500余万册。
有7个学科在第四轮全国高校学科评估中进入A类，其中作物学、农业资源与环境、植物保护、农林经济管理4个学科获评A+，A+学科数并列全国高校第11位。
4、河海大学
河海大学（Hohai University），简称“河海（HHU）”，位于江苏省会南京市，是以水利为特色，工科为主，多学科协调发展的教育部直属，教育部、水利部、国家海洋局与江苏省人民政府共建的全国重点大学。
河海大学的前身可以追溯到1915年创建于南京的“河海工程专门学校”，是中国第一所培养水利人才的高等学府。
1924年与国立东南大学工科合并成立河海工科大学，1927年并入国立第四中山大学，后更名为国立中央大学、南京大学。
1952年南京大学水利系、交通大学水利系、同济大学土木系水利组、浙江大学土木系水利组以及华东水利专科学校合并成立“华东水利学院”。1960年被中共中央认定为全国重点大学。1985年恢复传统校名“河海大学”。
根据2019年4月学校官网信息显示，河海大学是国家首批授权授予学士、硕士和博士学位的高校之一。学校2个学科入围一流学科建设名单。5个学科进入ESI世界排名前1%；
有1个一级学科国家重点学科，7个二级学科国家重点学科，2个二级学科国家重点学科培育点，15个一级学科省级重点学科；
15个博士后科研流动站，共有43个学位授权点，其中16个一级学科博士学位授权点、38个一级学科硕士学位授权点（含一级博士点）、5个二级学科硕士学位授权点、12个硕士专业学位类别授权点，其中工程硕士包括19个工程领域。
5、南京航空航天大学
南京航空航天大学（Nanjing University of Aeronautics and Astronautics）简称南航，是中华人民共和国工业和信息化部直属的一所具有航空航天民航特色、以理工类为主的综合性全国重点大学，是国家211工程。
学校前身是1952年10月以511厂为基础创建的南京航空工业专科学校，是中华人民共和国创办的第一批航空高等院校之一；1978年，被国务院确定为全国重点大学；
1981年，经国务院批准成为全国首批具有博士学位授予权的高校；2012年12月，工业和信息化部、中国民用航空局签署协议共建南京航空航天大学。2018年12月，工业和信息化部、教育部、江苏省共建南京航空航天大学。
截至2019年1月，学校有硕士一级学科授权点33个，博士一级学科授权点17个，博士后科研流动站16个；
有一级学科国家重点学科2个，二级学科国家重点学科9个，国家重点（培育）学科2个，国防特色学科10个，8个江苏高校优势学科，3个江苏省重点序列学科，8个江苏省重点学科。
参考资料来源：百度百科——南京大学
参考资料来源：百度百科——东南大学
参考资料来源：百度百科——南京农业大学
参考资料来源：百度百科——河海大学
参考资料来源：百度百科——南京航空航天大学
南京大学 211、985
东南大学 211、985
南京航空航天大学 211
南京理工大学 211
南京工业大学
南京邮电大学
河海大学 211
南京林业大学
南京信息工程大学
南京农业大学 211
南京医科大学
南京中医药大学
中国药科大学 211
南京师范大学 211
南京财经大学
解放军理工大学（军校）
文科理科最强的是南京大学，工科最强的是东南大学。整体实力第一梯队是南京大学和东南大学，第二梯队有南航、南理工、南农、河海、南师大、南医、中国药科大学，其他为第三梯队。（以上未包括解放军理工）
另外考研要关注该校的研究经费，如果学校没钱支持科研，完成项目就会捉衿见肘了。在南京高校中科研经费最高的一直是东南大学，以后一般是南京大学、南航、南理工、南农、河海等学校。本回答被网友采纳