S1线定位为构建昆山市东西向公共交通走廊，缓解昆山境内东西向交通压力，通过苏州轨道交通3号线换乘，打通苏州与昆山、同时通过与上海轨道交通11号线换乘，加强苏州、S1线西起园区唯亭片区，接自3号线夷亭路站，向东进入昆山西部新城，延前进路向东经过昆山中心城区、东部新城然后向东到达花桥商贸区，接至已开通的花桥站，与上海11号线相连。
与上海轨交11号线对接的苏州S2线是沪宁通道南侧轨道交通加密线路线路北起沪宁城际苏州工业园区站，沿沪宁城际与G312之间通道向东，而后在吴巷附近向南转入南施街，接着于中新大道路口向东经中新大道、元丰路、振新路、白灵路、绿地大道、逢明路至昆山花桥，与已开通的上海轨交11号线对接。
S3线（吴江—昆山南部）定位为旅游专线，按照规划，沟通吴江的苏州地铁4号线将与上海17号线连接，此外，吴江还将配合苏州轨交市域线S3、S6的建设，其中S3将由吴江区西端一直延伸至昆山淀山湖镇，并连结淀山湖南部的上海轨交17号线东方绿舟站。
S4线是经过常熟市域范围内的两条线路之一。线路起于常熟港区吴市，经碧溪、梅李至海虞，沿新世纪大道北沿段至常熟站，后南下沿新世纪大道纵穿主城区，经沙家浜组团和辛庄组团进入苏州城区。