区别是历史不同、居住学生不同。
1、历史不同：南京大学鼓楼校区为南京大学三大校区之一，全国重点文物保护单位金陵大学旧址所在地。1952年南京大学由四牌楼迁往鼓楼办学，鼓楼校区也成为南京大学主校区，直至南京大学仙林校区启用。
南京大学仙林校区建设得到大量社会捐赠，几乎每幢楼每个建设项目都有校友、政府援建。仙林校区2009年9月投入使用，2012年成为南京大学主校区。2012年，国际小行星命名委员会批准国际编号为187707的小行星正式命名为“南大仙林星”。
2、居住学生不同：仙林校区目前在1-3年级，所有本科生都将留在仙林校区。仙林位于南京大学仙林校区，2地铁线路；鼓楼校园是一名大四学生和一名研究生。
参考资料来源：百度百科-南京大学
建筑形式与用途不同。
1、鼓楼校区：中华传统风格建筑群，全国重点文物保护单位金陵大学旧址所在地。1952年南京大学由四牌楼迁往鼓楼办学，鼓楼校区也成为南京大学主校区。其中的北大楼已经成为南京大学的标志性筑。
用于本科四年教学、硕士教学与博士教学。
2、仙林校区：建筑大多棱角分明，方方正正，远观整齐划一，独立的内部庭院形成各自独立的生态系统。为创建世界一流大学而建设的国际化新校区。校区建设按照"一次规划，分步实施"原则进行。
用于本科一至三年级教学。
3、浦口校区：为南京大学在新世纪的可持续发展提供了广阔的办学空间，它与鼓楼校区形成隔江并峙，协调发展的办学新格局。着力培养大学生的科学素养与人文精神、创新意识和实践能力，初步形成了"强化拓宽基础、早期科研训练"的特色。
用于独立三本学院，南京大学金陵学院。
扩展资料
南京大学（Nanjing University），简称“南大”，是中华人民共和国教育部直属、中央直管副部级建制的综合性全国重点大学，是历史悠久、声誉卓著的百年名校。
南京大学以三江师范学堂筹建的1902年作为学校建校时间。 南京大学主源为中央大学，次源为1952年主体并入的金陵大学。金陵大学从1888年汇文书院成立，至1952年撤销建制主体与南京大学合并，历经64载春秋。
南京大学一直是开展国际交流与合作最活跃的中国大学之一，与世界上众多一流大学和高水平科研机构建立了紧密的协作关系。其中，始建于20世纪80年代的南京大学－霍普金斯大学中美文化研究中心迄今已成功举办二十多年，它是中国改革开放以后最早实施的高等教育国际合作长期项目。
参考资料来源：百度百科-南京大学
本回答被网友采纳鼓楼校区和仙林校区
仙林校区目前是本科1-3年级，所有本科新生都会入住仙林校区.仙林在地铁2号线南京大学仙林校区站.
鼓楼校区是大四加上研究生。鼓楼校区在地铁1号线鼓楼（靠近教学区）和珠江路站（靠近宿舍区）
但是南大在考虑纵向搬迁，目前积极筹备把一些系整体搬迁到仙林。远期规划是全部搬迁到仙林，以仙林为主校区。
浦口曾经是南京大学校区，现在是南京大学金陵学院（不是成教，成教在鼓楼办学），就是所谓的独立三本学院，和南京大学没有直接关系。本回答被网友采纳